1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gttctcttgtattggctgttgggtttacatacttctgttaatttaaacttaaattttagtctttatattcattaaaacccctgcttgtgatgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTGTTGTCATATGTTTTATGGTTGCTGTGGTCTCTCTCGCACTTGCACTTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0036g00430.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|30129038|gb|CB914377.1|CB914377
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTACTTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|71866162|gb|DT015217.1|DT015217
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTACTTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|161711048|gb|FC059455.1|FC059455
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|71877245|gb|DT026300.1|DT026300
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTACTTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|110359437|gb|EC920918.1|EC920918
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|110406253|gb|EC971820.1|EC971820
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTEST: gi|110721118|gb|EE097748.1|EE097748
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
EST: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAG TTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
genomic: TTCCTTATTCTAGTGTTTCTTCCTCATCCACCATTAATTCTAATCAACAGgttaggtttt ... tgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCT
aacttaaattttagtctttatattcattaaaacccctgcttgtgatgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTGTTGTCATATGTTTTATGGTTGCTGTGGTCTCTCTCGCACTTGCACTTT
aaattttagtctttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctcttgtattggctgttgggtttacatacttctgttaatttaaacttaaattttagtctttatattcattaaaacccctgcttgtgatgttaaacagTTCTCTAATGGTGCACAGTCTAAGGTTCCGGTTTATTTGGGTGGAATTTCTGTTGTCATATGTTTTATGGTTGCTGTGGTCTCTCTCGCACTTGCACTTT
- - - - - - tggctgt
- - - - - - - - - - - - - - - -cttctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacttaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - attaaaa