Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatagcagaacatctatttaaactaagactataaaaatgaatagatttacttttgagaattcatttgcttgcaattattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATATTGTTGGAGAGAGGCTTCCCAAATTCAGTGAAGAAGAGATTAAGTTGGTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0006g01790.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349821518|gb|FQ408077.1|FQ408077
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351041108|gb|FQ444085.1|FQ444085
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349833335|gb|FQ416713.1|FQ416713
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349820762|gb|FQ404136.1|FQ404136
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349826342|gb|FQ417839.1|FQ417839
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349826549|gb|FQ418640.1|FQ418640
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349817382|gb|FQ405386.1|FQ405386
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351055499|gb|FQ442295.1|FQ442295
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349811362|gb|FQ407588.1|FQ407588
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349826361|gb|FQ417858.1|FQ417858
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351047302|gb|FQ454913.1|FQ454913
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351055347|gb|FQ441945.1|FQ441945
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351013683|gb|FQ433835.1|FQ433835
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351019898|gb|FQ439715.1|FQ439715
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351028613|gb|FQ446286.1|FQ446286
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351017081|gb|FQ424508.1|FQ424508
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCAAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349807775|gb|FQ402166.1|FQ402166
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349813416|gb|FQ413650.1|FQ413650
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|71866255|gb|DT015310.1|DT015310
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351056118|gb|FQ453580.1|FQ453580
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGTCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTTCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351016119|gb|FQ432074.1|FQ432074
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCTTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351043324|gb|FQ451376.1|FQ451376
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351029000|gb|FQ435001.1|FQ435001
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351016022|gb|FQ431977.1|FQ431977
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351032857|gb|FQ461746.1|FQ461746
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|110425826|gb|EC992219.1|EC992219
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351044375|gb|FQ452927.1|FQ452927
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|349815167|gb|FQ410390.1|FQ410390
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|352790248|gb|FQ481447.1|FQ481447
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
EST: gi|351029862|gb|FQ427702.1|FQ427702
EST:     AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATG                         GTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT
genomic: AAGGATGACCAGCAAGCAGCTCAGAGAGCCATAGATTTTCACCTTGGATGgtaaatagca ... tattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataaaaatgaatagatttacttttgagaattcatttgcttgcaattattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATATTGTTGGAGAGAGGCTTCCCAAATTCAGTGAAGAAGAGATTAAGTTGGTA
                                            ttatttt  CT-rich tract
         aatagatttactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatagcagaacatctatttaaactaagactataaaaatgaatagatttacttttgagaattcatttgcttgcaattattttgcagGTTCCTACATCCCATTATATGGGGTAAATATCCGAAAAATATGCAAGATATTGTTGGAGAGAGGCTTCCCAAATTCAGTGAAGAAGAGATTAAGTTGGTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA