Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagatggtattttatgacaagtatgtttattttggtttgtgttggtaataataagaacgcccttttagttgtctcatgcattgaatactaaatagtattcgcttgtgatgatcctagATTCCATCTCCTTGGAGGCCAATTTTAGAGGATCCATCAACACTGCAGATATTTTTTGATTACTATGCAATTACAAAGGCCCCTCTGTCAAAAGAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g01920.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtaaagatggtattttatgacaagtatgttta---ttttggtttgtgttggtaataataagaacgcccttttagttgtctcatgcattgaatactaaatagtattcgcttgtgatgatcc-tagATTCCATCTCCTTGGAGGCCAATTTTAGAGGATCCATCAACACTGCAGATATTTTTTGATTACTATGCAATTACAAAGGCCCCTCTGTCAAAAGAG
       |      || |   |  | | ||||   ||||  ||| ||         | | |||  || |    ||||  |||||  |    |||||     | || |  | || || |    |||||||||| ||||||| |||  |||| |||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||
------gtatctgcttgttttatttttatttaaaattttaatttttgcaaaatcctacatgaattccttcaatgttggttcatgt-tcatctacta-----tcttggaatatggtggtttgcagATTCCATCACCTTGGAAGCCTGTTTTGGAGGATTCTTCAACACTACAAATATTTTTTGATTACTATGCCATTACAAAACCCCCTCTTTCAAAGGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttagttgtctcatgcattgaatactaaatagtattcgcttgtgatgatcctagATTCCATCTCCTTGGAGGCCAATTTTAGAGGATCCATCAACACTGCAGATATTTTTTGATTACTATGCAATTACAAAGGCCCCTCTGTCAAAAGAG
                       tactaaa  putative branch site (score: 1)
                     aatactaaatagtatt  TA-rich tract