1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tcagtgtgatggaagctatctagaagtttagaactatactaggtaattgtctacctctaacaatgggtatgtggtttatattctgtatgaatgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACTTTTACAGAGCCAGATGACCCAAATGTGGGGCATGTTGGACCGCCCCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0057g01270.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|110696839|gb|EE073301.1|EE073301
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: ATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|352786143|gb|FQ478754.1|FQ478754
genomic: ATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|351023858|gb|FQ423281.1|FQ423281
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|351031287|gb|FQ445312.1|FQ445312
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|349830561|gb|FQ416859.1|FQ416859
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|351023101|gb|FQ430976.1|FQ430976
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACEST: gi|351040054|gb|FQ425140.1|FQ425140
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
EST: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGG GGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
genomic: GGAGCTCCTTTATCTGGAGATACACAACGGTTTATCAACATCTGCATGGGgtaatggttc ... atgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTAC
attgtctacctctaacaatgggtatgtggtttatattctgtatgaatgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACTTTTACAGAGCCAGATGACCCAAATGTGGGGCATGTTGGACCGCCCCTT
ctctaac putative branch site (score: 2)
tgctctt putative PPT
tttatattctgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcagtgtgatggaagctatctagaagtttagaactatactaggtaattgtctacctctaacaatgggtatgtggtttatattctgtatgaatgctcttagGGCTCCTATTGGTCAAGGATATGGTTTGACAGAAACATGTGCTGGAGCTACTTTTACAGAGCCAGATGACCCAAATGTGGGGCATGTTGGACCGCCCCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - -gtgatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatg