Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagacatctggttctaagataattcatgcaacccatgtgttttgttgtaaattgctaacttatatcttaatttgataccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGATGAAGGTCTAGGAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0057g01200.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110398909|gb|EC965389.1|EC965389
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30126694|gb|CB912033.1|CB912033
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30133903|gb|CB919242.1|CB919242
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|71876405|gb|DT025460.1|DT025460
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110699364|gb|EE076300.1|EE076300
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110403296|gb|EC964774.1|EC964774
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110701385|gb|EE078893.1|EE078893
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAAGAGGGAGAC-ATCAACTATTGGTGACAAGGA
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAA-GAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGA
EST: gi|161716985|gb|FC066530.1|FC066530
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|161717757|gb|FC064725.1|FC064725
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCA-CTATTGTTG
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTG
EST: gi|30129594|gb|CB914933.1|CB914933
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30128765|gb|CB914104.1|CB914104
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110700654|gb|EE077500.1|EE077500
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110398035|gb|EC964108.1|EC964108
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30254555|gb|CB971300.1|CB971300
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110723077|gb|EE099979.1|EE099979
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGNAGAC-ATCA-CTATTG
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGG-AGACCATCAACTATTG
EST: gi|30130051|gb|CB915390.1|CB915390
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110686757|gb|EE064757.1|EE064757
EST:     TGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGGAAAT-GTTCCG                         GTTGAAATTTCTGGGGGAAGAANGGAGACCATCA-CTATTGTTGACAAGGA
genomic: TGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGG-AAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAG-GGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGA
EST: gi|30129595|gb|CB914934.1|CB914934
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|349833317|gb|FQ416695.1|FQ416695
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|161720962|gb|FC070684.1|FC070684
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGG
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGG
EST: gi|110698167|gb|EE075418.1|EE075418
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATNCA-CTATTGTTGACAAGGA
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCAT-CAACTATTGTTGACAAGGA
EST: gi|110685325|gb|EE063616.1|EE063616
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAAGAGGGAGACCATCAACTATTTGTTGACAAGG
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAA-GAGGGAGACCATCAACTATT-GTTGACAAGG
EST: gi|110723249|gb|EE100343.1|EE100343
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110368276|gb|EC932247.1|EC932247
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110371396|gb|EC935385.1|EC935385
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|71859317|gb|DT008372.1|DT008372
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|27584750|gb|CB007445.1|CB007445
EST:     CTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: CTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|33402805|gb|CF208432.1|CF208432
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|34543095|gb|CF511327.1|CF511327
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110361968|gb|EC925474.1|EC925474
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30133750|gb|CB919089.1|CB919089
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|30299187|gb|CB975981.1|CB975981
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110361336|gb|EC924802.1|EC924802
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110362059|gb|EC925566.1|EC925566
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110357331|gb|EC920800.1|EC920800
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110702702|gb|EE078902.1|EE078902
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAG-GGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|33403297|gb|CF208924.1|CF208924
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|71858509|gb|DT007564.1|DT007564
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
EST: gi|110723122|gb|EE100072.1|EE100072
EST:     GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCG                         GTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT
genomic: GTGGTATTGCTGCCCAAGATGGTGGTGCCTTTGCATGGGAAATTGTTCCGgttagacatc ... taccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acccatgtgttttgttgtaaattgctaacttatatcttaatttgataccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGATGAAGGTCTAGGAAAA
                         taacttatatcttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagacatctggttctaagataattcatgcaacccatgtgttttgttgtaaattgctaacttatatcttaatttgataccatgcagGTTGAAGTTTCTGGGGGAAGAGGGAGACCATCAACTATTGTTGACAAGGATGAAGGTCTAGGAAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG