1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tcctctgtttagccatttggaaaaagggaaaatgttaaaatttcctcccattggattcatttactaactgcatgtatatgcacatgcttcttaattgcagAGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACATATTCTGGGTGTGCATCCTCTGCTGGTAAGGAGCAGGTGGAAAAGAATAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0118g00220.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATCCCCAAGATCTCTAAT AGATCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACATEST: gi|77586204|gb|DV222198.1|DV222198
genomic: GATCCCCAAGATCTCTAATgtaagaaatt ... ttaattgcagAGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACAT
EST: TCCGAGAAGTTGGCTTAAGACATCTGCTGGTGATCCCCAAGATCTCTAAT AGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACAT
genomic: TCCGAGAAGTTGGCTTAAGACATCTGCTGGTGATCCCCAAGATCTCTAATgtaagaaatt ... ttaattgcagAGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACAT
tcccattggattcatttactaactgcatgtatatgcacatgcttcttaattgcagAGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACATATTCTGGGTGTGCATCCTCTGCTGGTAAGGAGCAGGTGGAAAAGAATAA
tgcttctt CT-rich tract
attcattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcctctgtttagccatttggaaaaagggaaaatgttaaaatttcctcccattggattcatttactaactgcatgtatatgcacatgcttcttaattgcagAGGTCTCCAGTAGTGGGTATATTGACGAGACACGATTTTATGCCAGAACATATTCTGGGTGTGCATCCTCTGCTGGTAAGGAGCAGGTGGAAAAGAATAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
-cctctgt
- - - - ttagcca
- - - - - - - - - ggaaaaa
- - - - - - - - - - - - - ggaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catttac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacatgc