Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcagtcatactaaattgtgtttgtctatcagaccatgcttcactctgttgttaaaacataattgtttgttacttcagGAGGATCTCTACTATCCACATCCTCTAGCACAAGATATGCTCTGGGGATTCCTCCACCATGTTGCTGAACCTATTCTCACGCGCTGGCCCTTTTCTATAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0065g00030.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0065g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA20G33450.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
------------------gtcagtcatactaaat---tgtgtttg-tctatcagaccatgcttcactctgttgttaaaacataattgtttgttacttcagGAGGATCTCTACTATCCACATCCTCTAGCACAAGATATGCTCTGGGGATTCCTCCACCATGTTGCTGAACCTATTCTCACGCGCTGGCCCTTTTCTATAA
                   | |   ||| |||||   | ||  || | |||  |||  ||  |   | | |    ||  || ||| |  ||  | |||||||||||||||||||||| |||||| |    ||||||||||| |||||||| || || || || |  |||| | || | |   ||||||||||||||||  
aaagagagatagaaagaaataaagaatattaaatagatatgaatgatatatatgactgtgtatgtatatatgtgaaacccaaaatggagtgcaatttcagGAGGATCTCTACTATCCCCATCCTATGATCCAAGATATGCTATGGGGATTTCTTCATCACGTGGGAGAACGTGTTATGAATTGCTGGCCCTTTTCTATGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtctatcagaccatgcttcactctgttgttaaaacataattgtttgttacttcagGAGGATCTCTACTATCCACATCCTCTAGCACAAGATATGCTCTGGGGATTCCTCCACCATGTTGCTGAACCTATTCTCACGCGCTGGCCCTTTTCTATAA
                                              ttacttc  CT-rich tract
                            ttaaaacataattgtt  TA-rich tract