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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgccagcctaaaatttgtgtatttcaacatccacagtcctctttttagttcttagaatagtttgctcctttagagactaacatgttaaattgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCCTCAATTGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0037g00180.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0037g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA19G22730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
tgccagcctaaaatttgtgtatttcaacatccacagtcctctttttagttcttagaatagtttgctcctttagag----actaacatgttaa---attgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCCTCAATTGCAG
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-----tcattatatttttgagtttgattatgtagtttaaacaagctagttaggtgtatagtttggt--tttagaactctgctaacaagttgatcaattgttctccagATAGTTGACCTGGCAACATTAACTGGGGCCTGCATAATTGGTCTTGGATCCTCAATTGCAG

upper sequence: Vv11s0037g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA02G36530.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
tgccagcctaaaatttgtgtatttcaacatccacagtcctctttttagttcttagaatagtttgctcctttagaga--ctaacatgtta---aattgttttg-cagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCCTCAATTGCAG
     |  ||   |||   | |    |     | |      ||  ||| | |    || ||||| |  |  |  |   |||| |  ||    ||||||| |  |||||| ||||  | ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |
--ttggtttatggtttcaatttacataagcttaaaaattgtttcgtaggtgt----atggtttgtttttagaatggtgctaatagattggtcaattgttctctcagATTATTGACTTGGCAACCTTGACTGGGGCTTGTGTTGTTGCTCTTGGACCCTCAATTGCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110395105|gb|EC960661.1|EC960661
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTAGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110387421|gb|EC952084.1|EC952084
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|351027495|gb|FQ444744.1|FQ444744
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|26266040|gb|CA817103.1|CA817103
EST:     CACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: CACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGC-TTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110391662|gb|EC956652.1|EC956652
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110407927|gb|EC973545.1|EC973545
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|30253256|gb|CB970807.1|CB970807
EST:     CACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGNA-AAG                         ATTGTTGATCT-GANAACATTTAACTGGGGCCT
genomic: CACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAG-AGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGC-AACATT-AACTGGGGCCT
EST: gi|34414873|gb|CF413627.1|CF413627
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110423246|gb|EC989587.1|EC989587
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|71885860|gb|DT034915.1|DT034915
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110378787|gb|EC943935.1|EC943935
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352782298|gb|FQ470200.1|FQ470200
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|349826195|gb|FQ416000.1|FQ416000
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTCGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|351024424|gb|FQ426233.1|FQ426233
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTCGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352773488|gb|FQ472270.1|FQ472270
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|71884348|gb|DT033403.1|DT033403
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352782236|gb|FQ470138.1|FQ470138
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|351023125|gb|FQ432508.1|FQ432508
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTCGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352781590|gb|FQ468888.1|FQ468888
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110359619|gb|EC921397.1|EC921397
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110719195|gb|EE096892.1|EE096892
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTANCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352782198|gb|FQ470100.1|FQ470100
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110368156|gb|EC932124.1|EC932124
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110700000|gb|EE077540.1|EE077540
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110373451|gb|EC937689.1|EC937689
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352774164|gb|FQ474687.1|FQ474687
EST:     TTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|352773813|gb|FQ472595.1|FQ472595
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|349826711|gb|FQ418802.1|FQ418802
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110730945|gb|EE108605.1|EE108605
EST:     TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
EST: gi|110356896|gb|EC920053.1|EC920053
EST:     TCACACTTGCAGATGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAG                         ATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC
genomic: TCACACTTGCAGACGCTTTGGTATATGCTTGTAACCAAGGTGTAGAGAAGgtaccacctt ... tgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagttcttagaatagtttgctcctttagagactaacatgttaaattgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCCTCAATTGCAG
                             gactaac  putative branch site (score: 1)
                                            ttgtttt  putative PPT
                                    atgttaaattgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgccagcctaaaatttgtgtatttcaacatccacagtcctctttttagttcttagaatagtttgctcctttagagactaacatgttaaattgttttgcagATTGTTGATCTAGCAACATTAACTGGGGCCTGTGTAGTTGCTCTTGGGCCCTCAATTGCAG

-gccagcc
- - - - - - - - - - - - - acatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - agtcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acatgtt