1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...acttggactccagtttctttgttcactgattttgctctggtgcttgccttgttttgttatttgtagatttcagttgcttaattttttcctggttctacagCATTCAGGAGTTCTTGTTGAATGTAACAAGAATGATCAGCTAATTTCCTCTCATGATAGAGATGAATATCAAACAAGTGGAGCCATGGGTGCTGGAGCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv11s0016g03750.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTCTTTGGTGCTAAGGCCAAGTGTGAGGTGGATACTACTTCCCAAACC CATTCAGGAGTTCTTGTTGAATGTAACAAGAATGATCAGCTAATTTCCTCT
genomic: ATGTCTTTGGTGCTAAGGCCAAGTGTGAGGTGGATACTACTTCCCAAACCgtgagttggg ... ggttctacagCATTCAGGAGTTCTTGTTGAATGTAACAAGAATGATCAGCTAATTTCCTCT
gccttgttttgttatttgtagatttcagttgcttaattttttcctggttctacagCATTCAGGAGTTCTTGTTGAATGTAACAAGAATGATCAGCTAATTTCCTCTCATGATAGAGATGAATATCAAACAAGTGGAGCCATGGGTGCTGGAGCTT
gcttaat putative branch site (score: 4)
ttttttcctggttct CT-rich tract
ttttgttatttgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acttggactccagtttctttgttcactgattttgctctggtgcttgccttgttttgttatttgtagatttcagttgcttaattttttcctggttctacagCATTCAGGAGTTCTTGTTGAATGTAACAAGAATGATCAGCTAATTTCCTCTCATGATAGAGATGAATATCAAACAAGTGGAGCCATGGGTGCTGGAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - -gactcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tctggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttgcct