Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatttcttcttttgactcttatatgatgtgataaattgatgacaaatttactactccaatgtgatggtctctttattgctgatgctcctgttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0105g00280.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351034903|gb|FQ458260.1|FQ458260
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCCGGCAGGGAAAGTTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAG-CAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|110388463|gb|EC953218.1|EC953218
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351034907|gb|FQ458264.1|FQ458264
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCGGCCGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110689931|gb|EE066589.1|EE066589
EST:     GCCCAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCCTGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|71886734|gb|DT035789.1|DT035789
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351012282|gb|FQ429967.1|FQ429967
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351053282|gb|FQ459150.1|FQ459150
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGCCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110691373|gb|EE069403.1|EE069403
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351025564|gb|FQ426380.1|FQ426380
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110686904|gb|EE063847.1|EE063847
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GGTAA-TGTGAGTGAACTANGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagG-TAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|351035636|gb|FQ463481.1|FQ463481
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|349827505|gb|FQ422373.1|FQ422373
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351056948|gb|FQ443575.1|FQ443575
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCCGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351032431|gb|FQ458796.1|FQ458796
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACCTAG-TTTGGTCACACCAGCTGGGAAAATTGTATG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAAC-TAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATG
EST: gi|351049548|gb|FQ429170.1|FQ429170
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|349830525|gb|FQ416835.1|FQ416835
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|77588634|gb|DV223535.1|DV223535
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAG
EST: gi|351049014|gb|FQ431558.1|FQ431558
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|351056833|gb|FQ443460.1|FQ443460
EST:     GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG
EST: gi|110701282|gb|EE078674.1|EE078674
EST:     GCCAAATGTATACCTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAG                         GTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCTGGGAAAGTTGTATGG
genomic: GCCAAATGTATACTTCCCTTGGTGTTATGACCAAGGGTACTATCATTGAGgtaatatttc ... ttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttactactccaatgtgatggtctctttattgctgatgctcctgttaatggtagGTAAATGTGAGTGAACTAGGTTTGGTCACACCAGCAGGGAAAGTTGTATGGG
                                           tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                       ctcctgtt  CT-rich tract
                        tctttatt  TA-rich tract