Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtggtcaactctgtatgccaatctgtggaaagtggattttggaaagtttattgttttttgtattctgactcattctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g03250.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30253288|gb|CB970839.1|CB970839
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|349822639|gb|FQ412903.1|FQ412903
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGCAGGTTTTGC
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGC
EST: gi|27755146|gb|CB035901.1|CB035901
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|30253209|gb|CB970760.1|CB970760
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|351019188|gb|FQ429348.1|FQ429348
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACCGCAGGTTTTGCCATGATTGGTCGCAT
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCAT
EST: gi|110370952|gb|EC934597.1|EC934597
EST:     GTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|110413628|gb|EC979423.1|EC979423
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|110423056|gb|EC989391.1|EC989391
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGCAGGTTTTGCCATGATTGGTCGCATGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
EST: gi|28959489|gb|CB339745.1|CB339745
EST:     GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACG                         ACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGGAAG
genomic: GTGATGGAAATGTCCCTTTTATGTTGTCACTTGGTCTACTAACGgttagtggtc ... tctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGG-AAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaagtggattttggaaagtttattgttttttgtattctgactcattctattgtagACTTTGACAGAAGGTTTTGCTATGATTGGTCGCATGGGGAAG
                                  ttctgac  putative branch site (score: 2)
                                        ctcattct  CT-rich tract
              aaagtttattgttttt  TA-rich tract