Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatttgcttcgctatttggaatcatcattcggttgtgcccattactaaaaatcgatgacaattgcttttcttattttctgggaaattcttctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATTGAAGTCCAAGAATGTGGTCACCAGATGTGTGCCCATTGCACCCTGGCGC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0007g00200.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30134585|gb|CB919923.1|CB919923
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|110700513|gb|EE078637.1|EE078637
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|30126246|gb|CB911585.1|CB911585
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|32245121|gb|CD710940.1|CD710940
EST:     TGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|27582352|gb|CB005047.1|CB005047
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|30135236|gb|CB920574.1|CB920574
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
EST: gi|30329047|gb|CD012309.1|CD012309
EST:     TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAG                         GCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT
genomic: TTCCATCCCCTTTGCATTCTGATGGTGGGCTTGATGATGATGCCTCTGAGgtaacacact ... tctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaaaaatcgatgacaattgcttttcttattttctgggaaattcttctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATTGAAGTCCAAGAATGTGGTCACCAGATGTGTGCCCATTGCACCCTGGCGC
 tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                         ttcttctc  putative PPT
                     ttttcttattttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatttgcttcgctatttggaatcatcattcggttgtgcccattactaaaaatcgatgacaattgcttttcttattttctgggaaattcttctcaaacagGCCAGCGAAGCCGAGCTATGCTGCATATGCTTTGACCAAGTCTGTACGATTGAAGTCCAAGAATGTGGTCACCAGATGTGTGCCCATTGCACCCTGGCGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - ttgcttc
- - - - - - - - - ggaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaatc