Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttctgtatcaaactaatgatggctagataaaaactatagatagtctttatatattaatacgagtcaaaaaaggggaaagattgaataattttttaataatagatctttgctaatggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0151g00860.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055280|gb|FQ441878.1|FQ441878
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|27580560|gb|CB003255.1|CB003255
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351054424|gb|FQ450507.1|FQ450507
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|352790943|gb|FQ479936.1|FQ479936
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351054345|gb|FQ450428.1|FQ450428
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351053960|gb|FQ441726.1|FQ441726
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351038630|gb|FQ464496.1|FQ464496
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351041932|gb|FQ456142.1|FQ456142
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351044390|gb|FQ452942.1|FQ452942
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACNAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351056109|gb|FQ453571.1|FQ453571
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351057496|gb|FQ440090.1|FQ440090
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351044595|gb|FQ443126.1|FQ443126
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|27579662|gb|CB002357.1|CB002357
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|352790264|gb|FQ481463.1|FQ481463
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|352798862|gb|FQ478497.1|FQ478497
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|32250149|gb|CD715968.1|CD715968
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGANCA-G
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGA-CAAG
EST: gi|351032736|gb|FQ462450.1|FQ462450
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351039837|gb|FQ464875.1|FQ464875
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351037996|gb|FQ460738.1|FQ460738
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351044516|gb|FQ443047.1|FQ443047
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351054394|gb|FQ450477.1|FQ450477
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|352789760|gb|FQ478575.1|FQ478575
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351054311|gb|FQ450394.1|FQ450394
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351037499|gb|FQ460698.1|FQ460698
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351039712|gb|FQ464750.1|FQ464750
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351038914|gb|FQ457589.1|FQ457589
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351039029|gb|FQ457704.1|FQ457704
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATGAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351057344|gb|FQ454026.1|FQ454026
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351055936|gb|FQ453397.1|FQ453397
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
EST: gi|351053868|gb|FQ441634.1|FQ441634
EST:     ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATG                         AGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG
genomic: ATTTTCAGATAAGCCTCAACCCAAATATGGTTTTGACTACACCTTGGATGgtaatttctg ... tggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaggggaaagattgaataattttttaataatagatctttgctaatggttcacagAGTATGTATCATCCTTTGGATCTCTTATTAATGAACTTGTCACCGACAAGGTTTCACTTGTTGTCCAG
                                       tgctaat  putative branch site (score: 2)
           attgaataatttttta  TA-rich tract