1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctatgaccaatttaccagagtcaattattttttctactaataccctgaatattgttaagataaattatcattgaaaatctctgttcttcatctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCAACCCAGGCAAGAGAGTTGAAACACCCATGTGATCAATCACTTTCCACT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0104g00900.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTG CACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCEST: gi|27579975|gb|CB002670.1|CB002670
genomic: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTGgtatgccctc ... tctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
EST: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTG CACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCEST: gi|352781787|gb|FQ469085.1|FQ469085
genomic: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTGgtatgccctc ... tctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
EST: CAGTTTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTG CACTCCAGGGTTCGGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCEST: gi|37183856|gb|CF603210.1|CF603210
genomic: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTGgtatgccctc ... tctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
EST: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTG CACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCEST: gi|352769756|gb|FQ468684.1|FQ468684
genomic: CAGTCTATCAAACTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTGgtatgccctc ... tctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
EST: AGTCTATC-AACTTTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTG CACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
genomic: AGTCTATCAAAC-TTTGGGACATCCGAAAAATGTCCTCCAATGCTACTTGgtatgccctc ... tctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCC
tgaatattgttaagataaattatcattgaaaatctctgttcttcatctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCAACCCAGGCAAGAGAGTTGAAACACCCATGTGATCAATCACTTTCCACT
tctctgttcttcatct CT-rich tract
attgttaagataaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatgaccaatttaccagagtcaattattttttctactaataccctgaatattgttaagataaattatcattgaaaatctctgttcttcatctattccagCACTCCAGGGTTCAGGAATTATGAATGGGATTATAGATGGATGGATTATCCAACCCAGGCAAGAGAGTTGAAACACCCATGTGATCAATCACTTTCCACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgaaaa