Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACATAGGATGTATGAAATCTGGACCCGTTCTTTCTCAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0031g03090.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32248254|gb|CD714073.1|CD714073
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110720016|gb|EE095627.1|EE095627
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30125799|gb|CB911138.1|CB911138
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32267576|gb|CD716539.1|CD716539
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30133769|gb|CB919108.1|CB919108
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351036166|gb|FQ464011.1|FQ464011
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGCTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|71855285|gb|DT004340.1|DT004340
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAG
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAG
EST: gi|110719628|gb|EE094920.1|EE094920
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCANAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30326867|gb|CD010129.1|CD010129
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30135395|gb|CB920733.1|CB920733
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110413181|gb|EC978958.1|EC978958
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32271216|gb|CD720375.1|CD720375
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|161716956|gb|FC068141.1|FC068141
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTGAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|110361463|gb|EC924936.1|EC924936
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|30127312|gb|CB912651.1|CB912651
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351044383|gb|FQ452935.1|FQ452935
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32248260|gb|CD714079.1|CD714079
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|32268821|gb|CD717980.1|CD717980
EST:     GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
genomic: GGATGCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACA
EST: gi|351045775|gb|FQ440960.1|FQ440960
EST:     GATGCCCGAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAG                         GTATGTTAGCTTCCCCACTTGCCCGCCATCGTTC
genomic: GATGCC-GAGTTCTATGTCAAGGTTGATGATGATGTTCATGTGAATTTAGgtctgtgctc ... gaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACATAGGATGTATGAAATCTGGACCCGTTCTTTCTCAAAA
  gcctcac  putative branch site (score: 3)
                                   tatttgttttgaaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctgtgctccctgtttattttttcttctcttcctttctttattttctagatagcgattagagatggtaactagccaagtttggtgggatgtagagttcaagtactttccagctttactattagcctcacagagtagttactgaactgggactttctatttgttttgaaaatgaagGTATGTTAGCTTCAACACTTGCCCGCCATCGTTCAAAGCCCAGAGTGTACATAGGATGTATGAAATCTGGACCCGTTCTTTCTCAAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG