Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttattcttgttacacttctaaaggttttgttgttttactgtcaagtggatttgttttggttgatactgcaagcctgaaatttgttagtgcctttgttgcagGTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g00880.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794271|gb|FQ479513.1|FQ479513
EST:     ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAA                         GTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG
genomic: ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAAgtaagttatt ... tttgttgcagGTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG
EST: gi|110713618|gb|EE089697.1|EE089697
EST:     ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAG                         GTGGAATATGGAA
genomic: ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAAgtaagttatt ... tttgttgcagGTGAAATATGGAA
EST: gi|351045827|gb|FQ441012.1|FQ441012
EST:     ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAA                         GTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG
genomic: ATGCAACGCCTTTGACTTTGGGCCAAGAGTTTAGTGGGTATTATACACAAgtaagttatt ... tttgttgcagGTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggatttgttttggttgatactgcaagcctgaaatttgttagtgcctttgttgcagGTGAAATATGGAATTGACCGTGTCACATGCACTCTACCCCGCATGTATCAG
           ggttgat  putative branch site (score: 5)
                                           cctttgtt  putative PPT
                              aaatttgtta  TA-rich tract