Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaagcaccatttatttcattatattattttattttttttacattaataatggatgttgttattgttgaagaactatttctggatgatgatggatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv05s0049g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA10G32560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
gtaagcaccatttatttcattatattattttattttttttacattaataatgga-tgttg---ttattgttgaagaactatt--tctggatgatgatg--------gatttatgc-atacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
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gtaagaatttttttttttcatagaccattatgaccttggatatttgttggtgaagtgttgggttcctcacccatcaacctatggcctggacaatcttgcttatgctattttttgttacatgtcagGGATGCATGCACAAAATTCAGGGATCTTTGGAGAAGAAAACATGAAACTGGACAATGGCTTGAAATTGAAGCTGCTGAAACGATGTCCAATCGCTCTGAC
upper sequence: Vv05s0049g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA10G00660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtaagcaccatttatttcattatattattttattttttttacattaat-aatg-gatgttg----------ttattgttgaagaact--------atttctggatgatgatg--------gatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
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upper sequence: Vv05s0049g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA20G35020.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
-------------------------------gtaagcacc-atttatttcattatattattttattttttttacattaataatggatgttgttattgttgaagaactatttctggatgatgatggatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
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gtaaggaaacttatttttttcatagaccattatgagcttagatatttgttggtgaagtgttgtgttcttcacccattgacctgtaatgtacatatggcct--ggacaatctt--gcttttgctaatttttgttacatgtcagGGATGCATGCACAAAATTCAGGGATCTTTGGAGAAGAAAACATGAAACTGGACAATGGCTTGAAATTGAAGCTGCTGAAACAATGTCCAATCGCTCAGAC
upper sequence: Vv05s0049g01280.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA02G00690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtaagcaccatt-tatttcattatattattttattttttttacattaat-aatg-gatgttg----------ttattgttgaagaact--------atttctggatgatgatggatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
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gtaaaaataattatctttctttaccaattttcaccttaaatataccgattagtgagatgttgggttcttggccaattggttgataacatatatgtgatttctggatgatattgctgatgt-catatttcagGGATGCATGTAGAAATTTTATTTCTCTTTGGAAAAGAAAGCATGAGAGTGGCCAATGGCTTGAAATTGAAACTGCTGAAGTGACGCCCAATCATGCTGAC atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gttgttattgttgaagaactatttctggatgatgatggatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
aactattt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
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gtaagcaccatttatttcattatattattttattttttttacattaataatggatgttgttattgttgaagaactatttctggatgatgatggatttatgcatacaacagGGATGCATGTTTAAGATTTTTGGATTTATGGAAAAGCAAGCATGAAACTGGCCAATGGCTGGAAATTGAAGCAGCTGAAGCGATGTCCAGCCAATCCGAC
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
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