Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgatatacaacttcttgctaatgctttatattgaagacctcttgcattttgctctagaaggtgtcctttttgtgatgcttagcaaaaatgttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTCAGCATTGAAACTTATAATCAGCAGCATTTGAAAAGAACTAATTCCGCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0023g03020.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0023g03020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA16G24270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
------tgatatacaacttcttgctaatgctttatattgaagacctcttgcattttgctctagaaggtgtcctttttgtgatgcttagcaaaaatgttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTCAGCATTGAAACTTATAATCAGCAGCATTTGAAAAGAACTAATTCCGCTG
        | | | | |    | |   | || |   |    | |   |||  | || ||  |  ||   | | | |  ||     ||   | |||    ||||||| |||| ||||||| ||| || |||||||| ||  |||||||||||||||| |   |  | |||||| | ||| || | ||||| | ||||  |  |  ||
atttgtcaacacatatccctattcctct-ctctccctctgtggcgagttgtgtctttcttgactag---tacatctgatggaaactat--ataattcaatatgcagGATGCTTATGCCAAATACGTCAAAGAGTACTACATTGGAACCTTTGGTGTTAATGTGCAGACTTATGACCAGGAGTACTTGAAGAAAACTGCTATCAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161710212|gb|FC058942.1|FC058942
EST:     TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGTG                         AATGCGTATGCCACATATGTAAAAGACTATTATCTTGGAACCTTTGGTCTC
genomic: TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGAGgtatgctcct ... ttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC
EST: gi|110710992|gb|EE087681.1|EE087681
EST:     TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGTG                         AATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC
genomic: TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGAGgtatgctcct ... ttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC
EST: gi|33402941|gb|CF208568.1|CF208568
EST:     TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGTG                         AATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTCTC
genomic: TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGAGgtatgctcct ... ttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC
EST: gi|110367557|gb|EC931495.1|EC931495
EST:     TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAAGATCTGGTG                         AATGCGTATGCCACATAT
genomic: TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGAGgtatgctcct ... ttttatgcagAATGCGTATGCCACATAT
EST: gi|22012959|gb|BQ797993.1|BQ797993
EST:     TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGTG                         AATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC
genomic: TGCTATGCTCCCCTCTTGTTCAAGCGAAAAAGGATGGAGAGGATCTGGAGgtatgctcct ... ttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttgctctagaaggtgtcctttttgtgatgcttagcaaaaatgttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTCAGCATTGAAACTTATAATCAGCAGCATTTGAAAAGAACTAATTCCGCTG
                                      aaaaatgttttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgatatacaacttcttgctaatgctttatattgaagacctcttgcattttgctctagaaggtgtcctttttgtgatgcttagcaaaaatgttttatgcagAATGCGTATGCCACATATGTAAAAGAGTATTATCTTGGAACCTTTGGTGTCAGCATTGAAACTTATAATCAGCAGCATTTGAAAAGAACTAATTCCGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAC
- - - -caacttc
- - - - - - - - -ctaatgc
- - - - - - - - - - - - - - - -tgaagac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcaaaaa