Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...actgggttccaattgccaagtgaggcaggcgtggaaaacttgcaatgccgagtgaagctttcttgtaataattaaatcaaaattttcattttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0097g00590.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0097g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA05G34360.3 (Glycine max), 3'ss of exon 7
actgggttccaattgccaagtgaggcaggcgtggaaaacttgcaatgccgagtgaagc--tttcttgtaataatta--aatcaaaattttcattttgcctgc--------agGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG
          ||        | | || |   |     | |     |  | |||||  |  ||||   |  | ||||  | | ||   ||||| |||||   |        ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||
----------aaccattgctt-acgctgttttatcttattctttttttc-agtgattccttttccctttttgattactactgaagtctttcaatttgctcacctacatccagGTTGCTACAGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTTCAGAAGGTATCTGAGAAG

upper sequence: Vv03s0097g00590.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA08G05280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
actgggttccaattgccaagtgaggcaggcgtggaaaacttgcaatgccgagtgaagctttcttgtaataattaaatcaaaattttcattt-------tgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG
         | |||||  |    |       |       ||    ||               || | || | ||    ||  |||  ||||       | | | |||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||| ||||| ||||||
-------gtccattgcttacgatgttttatcttattctttttttctgtgattccttttccctttttgattactactaaaatctttctatttgttcaccttcatccagGTTGCTACCGGGCAAGTTGCTAGCACTGGAATGGTTCTTCTAAGCTATGTTCAGAAGGTATCTGAGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|56409330|gb|CX017582.1|CX017582
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110370748|gb|EC932839.1|EC932839
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110428685|gb|EC995164.1|EC995164
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110687534|gb|EE065054.1|EE065054
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACA-TACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110730004|gb|EE106584.1|EE106584
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACCATACCGATAAAATG                         GTTGCCACAGGACAAGTTGCTAGCAC
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCAC
EST: gi|110376048|gb|EC941087.1|EC941087
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110698670|gb|EE076432.1|EE076432
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
EST: gi|110686396|gb|EE063988.1|EE063988
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCT
EST: gi|351046106|gb|FQ442484.1|FQ442484
EST:     ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATG                         GTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT
genomic: ATAGAAAGTCAGGAATTGGTTATGCTGCTCGTTACAATACCGATAAGATGgtactatggc ... ttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgccgagtgaagctttcttgtaataattaaatcaaaattttcattttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG
                                     ttttcattttgcct  CT-rich tract
             tttcttgtaataatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
actgggttccaattgccaagtgaggcaggcgtggaaaacttgcaatgccgagtgaagctttcttgtaataattaaatcaaaattttcattttgcctgcagGTTGCAACAGGACAAGTTGCTAGCACTGGCATGGTTGCTCTGAGCTATGTTCAGAAAGTATCAGAGAAG

- - - - - - ttgccaa
- - - - - - - - - - - - gcaggcg
- - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatcaa