Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagggatggaactctcgccaaaagtttatttttgcatttgaattttcctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g04270.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g42690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gagggatggaactctcgccaaaagtttatttttgcatttgaattt--tcctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA
  |   | |||         | | ||| |||  | |  || || |  |||| |        ||   ||   ||         |    || |  | ||| ||| |||||||||| ||  | ||| ||||||| || ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| || ||||| ||||| | ||
--gatctagaatgtggtgtgagactttttttggggaactgcatctgctccttacttgttcactgactaatcaggatttggggtcaaacttttattttttcagTTGAAGTGTGCCCAAGTACTTCTTGAGGCGGGTGCTGCAGTGGATGCTTTGGACAAGAACAAGAACACTCCGCTGCATTACGCCGCTGGCTATGGTATGA

upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
---------gagggatggaactctcgccaaaagtt-tatttttgcatttgaattttcctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA
         |     || |   |||| ||  | || || ||||  ||   ||||   |||       ||  |        | | | |||  | |   |||| ||||| ||||||| ||||||||  | ||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
tggtgtcaagcaaagtgaatggctcgtcaggaattataattttagatcctaattgggctc-------tttctaacgcctggctga-catgctct-tgatatcatttc-agGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAA

upper sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA06G47830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gagggatggaactctcgccaaaagtttatttttgcatttgaatttt---cctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA
    | ||  |  |      || |  |  |   | |||  ||||||    |  ||  || |||||| ||     |     | ||  |  | ||| ||||| |||| || ||||||||  | ||  | |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
--atggtgtcaagcaaagtgaatggcttgtcaggaattataattttagatcctaattaggttctttctaacacctggctgacatgctcttttatcatttc-agGTAAAATGTGCTCAAGTTCTCCTCGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351024599|gb|FQ433014.1|FQ433014
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTGGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110399605|gb|EC966118.1|EC966118
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|34550739|gb|CF518957.1|CF518957
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110688588|gb|EE067308.1|EE067308
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAAATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|34544495|gb|CF512727.1|CF512727
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|349823637|gb|FQ415047.1|FQ415047
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTGGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|33406205|gb|CF211832.1|CF211832
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGACCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351037169|gb|FQ457002.1|FQ457002
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATG
EST: gi|229418802|gb|GO653039.1|GO653039
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGTAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|352794442|gb|FQ481674.1|FQ481674
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTGGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCCTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|37189137|gb|CF608486.1|CF608486
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|22013539|gb|BQ798573.1|BQ798573
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110717421|gb|EE093265.1|EE093265
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|22014144|gb|BQ799178.1|BQ799178
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|34547334|gb|CF515566.1|CF515566
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351022363|gb|FQ445138.1|FQ445138
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110394240|gb|EC958886.1|EC958886
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110420469|gb|EC986743.1|EC986743
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110389993|gb|EC954874.1|EC954874
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110382861|gb|EC947188.1|EC947188
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|33407293|gb|CF212920.1|CF212920
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|349823548|gb|FQ414958.1|FQ414958
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351053332|gb|FQ459200.1|FQ459200
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAACAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110384468|gb|EC948907.1|EC948907
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|34547424|gb|CF515656.1|CF515656
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110379564|gb|EC944769.1|EC944769
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351040731|gb|FQ438275.1|FQ438275
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|26262139|gb|CA813202.1|CA813202
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATTCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110420388|gb|EC986660.1|EC986660
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351014883|gb|FQ438083.1|FQ438083
EST:     AATATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAATTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGT
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGT
EST: gi|351036011|gb|FQ463856.1|FQ463856
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCT
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCT
EST: gi|22012808|gb|BQ797842.1|BQ797842
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110406474|gb|EC972047.1|EC972047
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110369841|gb|EC934010.1|EC934010
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|352789768|gb|FQ478583.1|FQ478583
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110383518|gb|EC947896.1|EC947896
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|34546560|gb|CF514792.1|CF514792
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110732697|gb|EE108209.1|EE108209
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAAATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351025742|gb|FQ426756.1|FQ426756
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTGGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|26264214|gb|CA815277.1|CA815277
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTAGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGCGGATGCTTT
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGT-GCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTT
EST: gi|110423800|gb|EC990151.1|EC990151
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|22014688|gb|BQ799722.1|BQ799722
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|28965951|gb|CB344984.1|CB344984
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110395577|gb|EC961243.1|EC961243
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|351014637|gb|FQ437639.1|FQ437639
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCGTTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110427860|gb|EC994314.1|EC994314
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110362021|gb|EC925527.1|EC925527
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
EST: gi|110723293|gb|EE100443.1|EE100443
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAG                         GTGAAGTGTGCTCAAATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt ... ttatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA
                                             ttatttcc  CT-rich tract
                                         tatattattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gagggatggaactctcgccaaaagtttatttttgcatttgaattttcctcaacaagcttctttgtatggagttaagcatattgtgctatattatttccagGTGAAGTGTGCTCAGATCCTTGTTGAGGCTGGAGCAACGGTGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- gggatgg
- - - - - - -ctcgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aacaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttaagca