1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gatgttaaatgaccatttatttcctttttattttattttctttctttttatcaattttgaacttgctatgagatatcatttttctacttttaacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACATGGAGACTGCACAGTTTTTTAAACGTGATTTCGAGGAAAATGGATCAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv03s0038g02760.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|110730165|gb|EE106929.1|EE106929
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCCGGCTGGTCCTGTAAAGAAGTTGGANAAATCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAAGACAA-TTTGCCATTGTTTT-GCAGCCATGGGAEST: gi|30129885|gb|CB915224.1|CB915224
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGA
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|30325484|gb|CD008746.1|CD008746
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|33402634|gb|CF208261.1|CF208261
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCTGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|56409259|gb|CX017511.1|CX017511
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|156737783|gb|EV241904.1|EV241904
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|30323990|gb|CD007252.1|CD007252
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|32248996|gb|CD714815.1|CD714815
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|71859980|gb|DT009035.1|DT009035
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|71862037|gb|DT011092.1|DT011092
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|34542425|gb|CF510657.1|CF510657
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTAGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|27755418|gb|CB036173.1|CB036173
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|32249022|gb|CD714841.1|CD714841
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAATTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|46917753|gb|CN547082.1|CN547082
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|110424996|gb|EC991371.1|EC991371
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|56409525|gb|CX017777.1|CX017777
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACEST: gi|56409500|gb|CX017752.1|CX017752
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
EST: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAG GATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
genomic: GGCAGGCTGGTCTTGTAAAGAGGTTGGAGAAGTCTGGAAGTCTCCTTGAGgtatggtaga ... taacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAAC
ttttatcaattttgaacttgctatgagatatcatttttctacttttaacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACATGGAGACTGCACAGTTTTTTAAACGTGATTTCGAGGAAAATGGATCAA
ttttaac putative branch site (score: 2)
tcatttttctactttt CT-rich tract
atatcatttttctact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gatgttaaatgaccatttatttcctttttattttattttctttctttttatcaattttgaacttgctatgagatatcatttttctacttttaacttgcagGATGTGGAAGAGGACAACTTTGCCATTGTTTTTGCAGCTATGGGAGTAAACATGGAGACTGCACAGTTTTTTAAACGTGATTTCGAGGAAAATGGATCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - ccattta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgag