Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctcttcgtcttcacagcagaatttctttgaatatgatgatgtatctgcatgttcagaaatcctgactacttatttcgttcaacacgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTAAGCGGTGAGTATTTCGCGGACAGTAACATAGCCAAGCCAAGCTCCAAGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03380.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110362262|gb|EC925782.1|EC925782
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|110369965|gb|EC934139.1|EC934139
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCC
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCC
EST: gi|34543255|gb|CF511487.1|CF511487
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|110374720|gb|EC939643.1|EC939643
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|110361021|gb|EC924471.1|EC924471
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|22007077|gb|BQ792111.1|BQ792111
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|110417605|gb|EC983675.1|EC983675
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|34543342|gb|CF511574.1|CF511574
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
EST: gi|34415314|gb|CF414068.1|CF414068
EST:     GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAG                         GGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA
genomic: GCATTGTTAACATGGTTGGTAAATATGTGCTTAAAAATATTCCACAGgtatgctctt ... cgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatctgcatgttcagaaatcctgactacttatttcgttcaacacgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTAAGCGGTGAGTATTTCGCGGACAGTAACATAGCCAAGCCAAGCTCCAAGG
                    tcctgac  putative branch site (score: 2)
                           tacttattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctcttcgtcttcacagcagaatttctttgaatatgatgatgtatctgcatgttcagaaatcctgactacttatttcgttcaacacgggacacagGGAGCAGCAACTACTTGCTATGTGGCCTTGCACCCTCAAGTTAAGGGGGTAAGCGGTGAGTATTTCGCGGACAGTAACATAGCCAAGCCAAGCTCCAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT