Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattctatacccatttttaaatttataattgtcctcttggctaatcttttgtggttaagtatgcatgttctcatttcaatgtcggtatgtcatgattctcaaaagtgtgaggttgtgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACATTAAGACTACAAGATATGGATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0025g03050.t01
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0025g03050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G446895_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 21
gtattctatacccatttttaaatttataattgtcctcttggctaatcttttgtggtta-agtatgcatgttctcatttcaa--tgtcggtatgtcatgattctcaaaagtgtgaggt-tgtgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACATTAAGACTACAAGATATGGATTG
                             |   | ||||     | |||||| | |   || || |||  |   |  | ||  |||||   ||   |   |  |   | | |||  | | | ||  | ||||||||||||||||||| |||||  | |||||| ||||| ||||||| || || ||||| ||||| |||  |||
-----------------------------tatacatctttatctaacttttgcgatggtagaattcattgtggaacgttaaattgtcgaggtga-gtagctggctgcactttgacatatcttttgtatagGTCCAATGGAATGTTTGCCATGCCCTTAGCAACTTGTTCATGAATGATACCTTGAGACTTCAAGACATGCCTTG

upper sequence: Vv02s0025g03050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
lower sequence: AT4G38120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 20
gtattctatacccatttttaaatttataattgtcctcttggctaatcttttgtggttaagtatgcatgttctcatttcaatgtcggtatgtcatgattctcaaaagtgtgaggttgtgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACATTAAGACTACAAGATATGGATTG
                      | |  | || |  ||| |  |  ||   ||||| |  || || ||  |  |   ||  |  |  ||| |  |   |      | |       | |||    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  | |||   ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||
----------------------tatccagtt-tgatctggtttggtcgaatgtggctcggtttgtatacttacgcatccttagctttatctactacatagtttgacttcagaaatttgt---gcagGTTCAATGGAATGTTTGTCATGCGTTGAGCAATTTATTCTCCAATGAGACAGTAAAACTGCAAGATATGGATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351021936|gb|FQ437723.1|FQ437723
EST:     AGAGAATGGTGCAGGCATTTCTTTCTTGTGTTACAACAGGAAATGTGAAG                         GTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACA
genomic: AGAGAATGGTGCAGGCATTTCTTTCTTGTGTTACAACAGGAAATGTGAAGgtattctata ... tgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACA
EST: gi|351027852|gb|FQ448422.1|FQ448422
EST:     AGAGAATGGTGCAGGCATTTCTTTCTTGTGTTACAACAGGAAATGTGAAG                         GTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACA
genomic: AGAGAATGGTGCAGGCATTTCTTTCTTGTGTTACAACAGGAAATGTGAAGgtattctata ... tgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatttcaatgtcggtatgtcatgattctcaaaagtgtgaggttgtgttaaacagGTCCAATGGAATGTTTGTCATGCATTGAGCAACCTGTTCCTGAATGAGACATTAAGACTACAAGATATGGATTG
                                             tgttaaa  TA-rich tract