Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtctccacaatttcctgtgctatgtttaatactgcaataccctgtttatctcaaatttctgaattgctctagctacctcttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g00830.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789999|gb|FQ479609.1|FQ479609
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349814602|gb|FQ399242.1|FQ399242
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGGTGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349811128|gb|FQ406140.1|FQ406140
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349818053|gb|FQ408828.1|FQ408828
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349817267|gb|FQ405271.1|FQ405271
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349811678|gb|FQ409675.1|FQ409675
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349811177|gb|FQ406165.1|FQ406165
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349807900|gb|FQ402291.1|FQ402291
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|352798701|gb|FQ480726.1|FQ480726
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349809773|gb|FQ398398.1|FQ398398
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|351036374|gb|FQ458749.1|FQ458749
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349818969|gb|FQ411664.1|FQ411664
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349816754|gb|FQ399622.1|FQ399622
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|351051626|gb|FQ450178.1|FQ450178
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349817835|gb|FQ407824.1|FQ407824
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349814554|gb|FQ399194.1|FQ399194
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349810986|gb|FQ405974.1|FQ405974
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|349820442|gb|FQ406998.1|FQ406998
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
EST: gi|351037515|gb|FQ460714.1|FQ460714
EST:     ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
genomic: ACAAGGGTAAGCACACCTATGTTCCTGTAACAAAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtctcc ... ttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caataccctgtttatctcaaatttctgaattgctctagctacctcttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG
                                      ctacctctt  CT-rich tract
          tttatctcaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtctccacaatttcctgtgctatgtttaatactgcaataccctgtttatctcaaatttctgaattgctctagctacctcttgttgacagTTTGATCTGGGTGATGTCATGATTGGTGGTAAAACAACTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG