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EST: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAA-GCAN CCTGTAGGTGGTGTTGGGTGCA-TTACTCCTTGGAACTTTC-ATTGGCTATEST: gi|161712950|gb|FC062076.1|FC062076
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EST: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAAAGCAG CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGEST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
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EST: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAAAGCAG CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAAC-TTCCATTGGCTATGEST: gi|352763959|gb|FQ465409.1|FQ465409
genomic: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAAAGCAGgtgaagcact ... tcttttgcagCCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATG
EST: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAAAGCAG CCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATG
genomic: ATATAATTCCATCACCACTAGCTGATCGTCGGCTGCTTGTTTTAAAGCAGgtgaagcact ... tcttttgcagCCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATG
gcaattctcttgttttctgttgcttaccataggcttttgaatctttcttttgcagCCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG
tgcttac putative branch site (score: 2)
tctttcttttgc putative PPT
ttttgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctagctatggcttcattagacttcccaatattggtcattctcttgcaattctcttgttttctgttgcttaccataggcttttgaatctttcttttgcagCCTGTAGGTGTTGTTGGTGCAATTACTCCTTGGAACTTTCCATTGGCTATGATCACACGGAAG
- - - tatggct
- - - - - - - - - - -cttccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatagg