Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttatgttggaacagttgcatttcagtggtcaacctttgacaccatggtactcacatgtttgttgggtttgtctttttaatcttagACACCACATGCTGTGCAATGGATGCAGCCCGAAGCTCAAGAAGGGTGTCAAGTGTCAGACTGGTTCAACATTTTGGTACTTCATCAAAACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g03680.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0014g03680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA12G34750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtaatttatgttggaacagttgcatttcagtggtcaacctttgacaccatggtactcacatgtt------tgttgggtttgtctttttaatcttagACACCACATGCTGTGCAATGGATGCAGCCCGAAGCTCAAGAAGGGTGTCAAGTGTCAGACTGGTTCAACATTTTGGTACTTCATCAAAACAG
|||    |  |   || | |||| ||   |  ||  | || |   ||     | |   |  |||      | ||   | | | | |||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||  || ||| |||| ||||||||||||                                         
gtatgccac-tgataaaatttgctttcatgcagttcatctatttaactgctctcccatctggttgtgatatattatttatttatatttattttcagACACCGCATGCTGTTCAATGGATGCGACCTGAATCTCAGGAAGGGTGTCAA-----------------------------------------

upper sequence: Vv19s0014g03680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT5G54260.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
gtaatttatgttggaacagttgcatttcagtggtcaacctttgacaccatggtactcacatgtttgttgggtttgtcttt-ttaatctta--gACACCACATGCTGTGCAATGGATGCAGCCCGAAGCTCAAGAAGGGTGTCAAGTGTCAGACTGGTTCAACATTTTGGTACTTCATCAAAACAG
                     | | | ||| ||   ||| |  ||    || ||  ||  ||||  ||| |||  | ||| ||  | | |  ||| ||||||||||| |||||||||  ||| |||| ||||||||| ||| | || || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||
---------------------gtaatccagagg---accctc-accttttgctatacaattgttaattgtgttaatatttattggtttcacagACCCCACATGCTGTCCAATGGATGAGGCCTGAAGTTCAAGAAGGATGTGATGTTTCTGACTGGTTCAACATTCTGGTGCTTCATCAAAATAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacctttgacaccatggtactcacatgtttgttgggtttgtctttttaatcttagACACCACATGCTGTGCAATGGATGCAGCCCGAAGCTCAAGAAGGGTGTCAAGTGTCAGACTGGTTCAACATTTTGGTACTTCATCAAAACAG
                                    tttgtcttttt  CT-rich tract
                                    tttgtctttttaat  TA-rich tract