1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...caaaacaaactttacaaacaactattttcaattaaaattttgttatgtgttccttaattaaacagccccatatatatatattaattttttttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGCAATATGGTGTTTCAAAGCAGGAGGCGTATGATGAGTTGAATAAGCAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0014g01060.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110385934|gb|EC950495.1|EC950495
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110361297|gb|EC924762.1|EC924762
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110364302|gb|EC923825.1|EC923825
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|161719018|gb|FC067638.1|FC067638
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAA----GGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAEST: gi|110374643|gb|EC939551.1|EC939551
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAA
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACTAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110377441|gb|EC942506.1|EC942506
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110360747|gb|EC924092.1|EC924092
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110377555|gb|EC942628.1|EC942628
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110384100|gb|EC948516.1|EC948516
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|161716139|gb|FC068058.1|FC068058
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110388132|gb|EC952850.1|EC952850
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGEST: gi|110360659|gb|EC923942.1|EC923942
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
EST: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAG TTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
genomic: GAGCTTCACAGATCATTTGCAGGCTCATGGATGACATGGCTTCCCACGAGgtattagatt ... ttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAG
tgtgttccttaattaaacagccccatatatatatattaattttttttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGCAATATGGTGTTTCAAAGCAGGAGGCGTATGATGAGTTGAATAAGCAAG
tattaat putative branch site (score: 2)
ttaatttttttttt CT-rich tract
atatatatatattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaaacaaactttacaaacaactattttcaattaaaattttgttatgtgttccttaattaaacagccccatatatatatattaattttttttttgcacagTTTGAGCAAAAAAGGGTGCACGTTGCTTCTAGTGTTGAATGCTATATGAAGCAATATGGTGTTTCAAAGCAGGAGGCGTATGATGAGTTGAATAAGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- aaacaaa
- - - - - - - caaacaa
- - - - - - - - - - - - - - -aattaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagcccc