Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatgagatatcaatagattatgtatcaaagcactgaattgtgaatcttgtgatcatgttagagacttgtttcaacttgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTGCTGTACAAGGAC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g14450.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110372040|gb|EC936182.1|EC936182
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|32268295|gb|CD717454.1|CD717454
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351024744|gb|FQ430569.1|FQ430569
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|37187297|gb|CF606650.1|CF606650
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351052122|gb|FQ455415.1|FQ455415
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCAAACAACTAGCTCCCT
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTT-GGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
EST: gi|351042242|gb|FQ442709.1|FQ442709
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACNAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCTCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351032748|gb|FQ462462.1|FQ462462
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351055385|gb|FQ441983.1|FQ441983
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAGG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCC
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCC
EST: gi|349825116|gb|FQ415663.1|FQ415663
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACA
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACA
EST: gi|33404726|gb|CF210353.1|CF210353
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351044758|gb|FQ449012.1|FQ449012
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACCAG                         TTTAAAGGGTTGGGGTGGGCTCT
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGG-CTCT
EST: gi|349816231|gb|FQ403727.1|FQ403727
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAA
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAA
EST: gi|349814907|gb|FQ410130.1|FQ410130
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTGGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351053728|gb|FQ441494.1|FQ441494
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGG-TTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
EST: gi|351056890|gb|FQ443517.1|FQ443517
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTT
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTT
EST: gi|349825028|gb|FQ415575.1|FQ415575
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351025508|gb|FQ435201.1|FQ435201
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGGTTGGGTTGGCTCTTCCTGGGTGTCCCAA
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGG-TTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAA
EST: gi|30325352|gb|CD008614.1|CD008614
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351044587|gb|FQ443118.1|FQ443118
EST:     TTC-CTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAAGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGG
genomic: T-CGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGG
EST: gi|110371343|gb|EC935294.1|EC935294
EST:     TCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
genomic: TCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAA-Ggtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
EST: gi|351045767|gb|FQ440952.1|FQ440952
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTC
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTC
EST: gi|110379774|gb|EC944993.1|EC944993
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|349825115|gb|FQ415662.1|FQ415662
EST:     TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACA-CTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
EST: gi|351031903|gb|FQ460160.1|FQ460160
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGG-TTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCT
EST: gi|349826752|gb|FQ418843.1|FQ418843
EST:     TTCGCTCATTCTTATGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAG                         TTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG
genomic: TTCGCTCATTCTTGTGGAAAATGTTCTTCGAGAAATATGAAGACTACAAGgtagatgaga ... tgtcatgcagTTTAAAGGGTTGGGTTGGCTCTTCTTGGGTGTCCCAACAACTAGCTCCCTG