Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattcgtgatccattcattccaacattattccatgcatgcaacaattatttgttggaactatagtttaaaggagctaagagttggttcctcatgggtttccctgtcctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTGCAGGTGGTGAAGCTGGCACAAAAGCTTGAAGCTTTTTCCAGAATGTGCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g01940.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g01940.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA02G08440.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
-------------------------gtaaatt-cgtgatccatt-cattccaacattattcc---atgcatgcaacaattatttgttggaactatagtttaaaggagctaagagttggtt--cctcatgggtttccctgtcctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTGCAGGTGGTGAAGCTGGCACAAAAGCTTGAAGCTTTTTCCAGAATGTGCT---
                         || | ||  | ||| ||   |  || |   || ||     ||  ||      | |  || |  |||||  |||||||      | ||   | |||  | |     | |  | ||  ||  |||   | | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |   ||| |   | | | |||  ||||   |  |  | |        
gtaactagatacaaattttgtccatgttatttatgggatgcagcacgatcaattgtttttttcatatatatttgttcaatccttttatgaacttgagtttaatttgctttagccgtagttgactttgactggtctcttgatctttttgttcagA-TGATGAGAGTGACACAGAAGAGGAGTTTGCAGCAGAAGCATCTGCTAGTAAAGAACAAGATTCGAAAGATGCTGTAAGCAGCTATCCAATTCCAAAGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110429290|gb|EC995781.1|EC995781
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGTCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351013532|gb|FQ425563.1|FQ425563
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|349825032|gb|FQ415579.1|FQ415579
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351025087|gb|FQ433504.1|FQ433504
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|349812059|gb|FQ410856.1|FQ410856
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCCACCACCT
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGC-AGCACCT
EST: gi|110690904|gb|EE068398.1|EE068398
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351049075|gb|FQ431619.1|FQ431619
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|27583236|gb|CB005931.1|CB005931
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351014311|gb|FQ437313.1|FQ437313
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAACAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|110729569|gb|EE105653.1|EE105653
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGTCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351049132|gb|FQ449854.1|FQ449854
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|32246080|gb|CD711899.1|CD711899
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|110426354|gb|EC992760.1|EC992760
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGTCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351012422|gb|FQ427023.1|FQ427023
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|33403447|gb|CF209074.1|CF209074
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|351046326|gb|FQ448631.1|FQ448631
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
EST: gi|349825031|gb|FQ415578.1|FQ415578
EST:     TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAG                         AAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG
genomic: TATGGGCGGTGGTGAAGACTTGGATGATGATGCTGCCGACAAGGATGAAGgtaaattcgt ... ctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtttaaaggagctaagagttggttcctcatgggtttccctgtcctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTGCAGGTGGTGAAGCTGGCACAAAAGCTTGAAGCTTTTTCCAGAATGTGCT
                                   tttccctgtcct  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaattcgtgatccattcattccaacattattccatgcatgcaacaattatttgttggaactatagtttaaaggagctaagagttggttcctcatgggtttccctgtcctggttgcagAAAATGATGATAGTGACACAGAAGAGGAGGTTGCAGCAGAAGCAGCACCTGCAGGTGGTGAAGCTGGCACAAAAGCTTGAAGCTTTTTCCAGAATGTGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC