Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gtgttgtaaatgtagtttttgggtagtttctggagaaatggtatgatgtacagaacctcactgtgaactaatcgtctatgtgttttccggttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g03310.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g03310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA12G28750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtgttgtaaatgtagtttttgggtagtttctggagaaatggtatgatgtacagaacctcac---tgtgaactaat-cgtctatgtgttttccggttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA
  | || |   ||  ||||   |  ||           |  |    || | || |  | |    |||  | |||| | |||   |||  |     || |  ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||| || ||  | |||||||| ||||||||||| |
--gatgaattggttattttaaaggggtcgaatatctttttcttctctggatagtatattatttttgttgattaatgcttcttattgtaattta--tgtttttagGCTGGTGTCTTGGCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTGTTGGATGTCACTCCATTATCTTTGGGTCTGGAAACTCTAGGTGGTGTGATGACAAAAATTA

upper sequence: Vv17s0000g03310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA16G00410.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
---------------------------------------gtgttgtaaatgtagtttttgggtagtttctggagaaatg-gtatgatgtacagaacctcactgtga-actaatcgtctatgtgttttccggttgatg---ctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA
                                       |  |  |   |  || ||||  ||  || ||  |    |  || |  || | || |  | | | |     ||||      |   | ||    || |||    ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||| || ||  | |||||||| ||||||||||| |
gtgggatttggcttttatcattaattggaaggggacagagaatgtttgtttaagcttttcagtgtttgctcaaatgttttgttttgtggatagcatattatttttttgttaattaatgcttcttattgtaatttatgtttttagGCTGGTGTCTTGGCTGGAGATGTCAGCGACATTGTGCTGTTGGATGTCACTCCATTATCTTTGGGTCTGGAAACTCTAGGTGGTGTGATGACAAAAATTA

upper sequence: Vv17s0000g03310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: PP1S6_146V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------------gtgttgtaaatgtagttttt---gggtagtttctggaga-------aatggtatgatgtacagaacctcactgtgaactaatcgtctatgtgttttccggttgatgcta--gGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA
                                                        | |||     |||  ||  |   |||  || ||  |||        | | || ||||| |  |    |||  |   | |    || |      ||   ||    | |||  ||||||||||||| |||| || ||||| |||||||| ||  |||||||| | ||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||| ||||| || || |
gtttgaaattttacctcgatacctactcatctctgtcacgagtatggatggctaaggggtttagtttgttattcctaatggggggtatcctgaggttgttttagtagtctgatgaatggcttatcatcg-acattttctgtattaacaattgtgggaaattactacagGCTGGTGTTTTGGCTGGTGAAGTCAGCGACATTGTTCTTCTGGATGTGACGCCTCTGTCTTTGGGTTTGGAGACGTTGGGTGGTGTGATGACGAAGATTA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349808274|gb|FQ403461.1|FQ403461
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351044249|gb|FQ447603.1|FQ447603
EST:     CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351013108|gb|FQ424813.1|FQ424813
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349812227|gb|FQ411822.1|FQ411822
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351019871|gb|FQ439688.1|FQ439688
EST:     CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349818602|gb|FQ403237.1|FQ403237
EST:     CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|34543152|gb|CF511384.1|CF511384
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349813122|gb|FQ411362.1|FQ411362
EST:     CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349808960|gb|FQ406810.1|FQ406810
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351037274|gb|FQ457107.1|FQ457107
EST:     CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCGG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349815497|gb|FQ400653.1|FQ400653
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110689187|gb|EE065194.1|EE065194
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351042186|gb|FQ462953.1|FQ462953
EST:     CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|26263790|gb|CA814853.1|CA814853
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349808388|gb|FQ405500.1|FQ405500
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110376029|gb|EC941068.1|EC941068
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351035183|gb|FQ458540.1|FQ458540
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349809022|gb|FQ407471.1|FQ407471
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|56408917|gb|CX017169.1|CX017169
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCA
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110376831|gb|EC941910.1|EC941910
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110374207|gb|EC938830.1|EC938830
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349808396|gb|FQ405492.1|FQ405492
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349813902|gb|FQ414136.1|FQ414136
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349822092|gb|FQ408421.1|FQ408421
EST:     CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351047331|gb|FQ451843.1|FQ451843
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351021806|gb|FQ437191.1|FQ437191
EST:     CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110699746|gb|EE077012.1|EE077012
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349808760|gb|FQ406610.1|FQ406610
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351022580|gb|FQ447102.1|FQ447102
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349820273|gb|FQ399875.1|FQ399875
EST:     CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: CAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349815255|gb|FQ400410.1|FQ400410
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349807666|gb|FQ402057.1|FQ402057
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|110684783|gb|EE062458.1|EE062458
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|349811615|gb|FQ409612.1|FQ409612
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
EST: gi|351024502|gb|FQ426311.1|FQ426311
EST:     ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTTGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAG                         GCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGATATTGTGCTCTTGGATGTGTCT
genomic: ATGTCACAGTCAATCCGGATGAAGTCGTCGCCCTAGGGGCTGCTGTGCAGgtgtgttata ... ttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtacagaacctcactgtgaactaatcgtctatgtgttttccggttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA
                    aactaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgttgtaaatgtagtttttgggtagtttctggagaaatggtatgatgtacagaacctcactgtgaactaatcgtctatgtgttttccggttgatgctagGCTGGTGTTTTGTCTGGAGATGTCAGTGACATTGTGCTCTTGGATGTGTCTCCATTGTCTCTGGGTCTAGAGACATTGGGTGGTGTAATGACAAAAATCA

- - - - - - - - ttttggg
- - - - - - - - - - - - - - - -ggagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acctcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aactaat