1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aaacatgaaatttcatgatgcaaaagcactataaaatacagaagttataattaaattttttgtatggccttctgaatgcaaaagattttattgtttgcagTTATGTACATGGATCTCCTCTCTTGGAAAGCTCAAGTGCATTTGACTCACGAGAAGCTGCAGAAAAGACAGCAGCAGCCCTTGGCAGGGTCTTGATGTTG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g00360.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tataattaaattttttgtatggccttctgaatgcaaaagattttattgtttgcagTTATGTACATGGATCTCCTCTCTTGGAAAGCTCAAGTGCATTTGACTCACGAGAAGCTGCAGAAAAGACAGCAGCAGCCCTTGGCAGGGTCTTGATGTTG
ttttatt CT-rich tract
aaaagattttattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaacatgaaatttcatgatgcaaaagcactataaaatacagaagttataattaaattttttgtatggccttctgaatgcaaaagattttattgtttgcagTTATGTACATGGATCTCCTCTCTTGGAAAGCTCAAGTGCATTTGACTCACGAGAAGCTGCAGAAAAGACAGCAGCAGCCCTTGGCAGGGTCTTGATGTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- -catgaaa
- - - - - - -catgatg
- - - - - - - - - - -aaaagca
- - - - - - - - - - - - - - - ataaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggccttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatgca