1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tccttctttcatattgagccctccagcaattcatcatccatatttgaaaagttttagttcaaaaataaatttttatttaattaattaaaaaattatgcagGGTGAAGAGCTTAATATATATGGTGAGCTTTATATCCATAGAAATCCTAAGCTCAAAATCAAGGTGGTGGATGGGAGCAGCTTAGCAGTAGCCGTTGTTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0021g00050.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCAGAGCAAAGAGGCGTTAAAGTGTTGAGTTTAGGTCTTCTTAACCAA GGTGAAGAGCTTAATATATATGGTGAGCTTTATATCCATAGAAATCCTAAG
genomic: ATGCAGAGCAAAGAGGCGTTAATGTGTTGAGTTTAGGTCTTCTCAACCAGgtaagttatt ... aattatgcagGGTGAAGAGCTTAATATATATGGTGAGCTTTATATCCATAGAAATCCTAAG
gaaaagttttagttcaaaaataaatttttatttaattaattaaaaaattatgcagGGTGAAGAGCTTAATATATATGGTGAGCTTTATATCCATAGAAATCCTAAGCTCAAAATCAAGGTGGTGGATGGGAGCAGCTTAGCAGTAGCCGTTGTTT
aattaat putative branch site (score: 3)
ttcaaaaataaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tccttctttcatattgagccctccagcaattcatcatccatatttgaaaagttttagttcaaaaataaatttttatttaattaattaaaaaattatgcagGGTGAAGAGCTTAATATATATGGTGAGCTTTATATCCATAGAAATCCTAAGCTCAAAATCAAGGTGGTGGATGGGAGCAGCTTAGCAGTAGCCGTTGTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
tccttct
- - - - - - - - - ccctcca
- - - - - - - - - - - - - caattca
- - - - - - - - - - - - - - - - -tcatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattaaa