1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ccatggtatctttcttctattaaaacaaatccaatccctagctgatatgtttctgtttcccacctttttacgtctgctgtattgatttctatttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTGAGCAGAGTATGCCATACGGCCACCAGCAAGCTCAGTCTCAGGGGTTCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0083g01050.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|33405261|gb|CF210888.1|CF210888
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|110383984|gb|EC948394.1|EC948394
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|33402901|gb|CF208528.1|CF208528
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|32458813|gb|CD799987.1|CD799987
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: AACAAGGAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|110370316|gb|EC929381.1|EC929381
genomic: AACAAGGAACAAGTTTTGGTTGAATCTAAC--AAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|110379750|gb|EC944969.1|EC944969
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|110710966|gb|EE087623.1|EE087623
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTEST: gi|110398751|gb|EC965225.1|EC965225
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
EST: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAG CTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
genomic: GAACAAGTTTTGGTTGAATCTAACAAGGCTTTGACGAGGAAGgtaatacatc ... atttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGT
tatgtttctgtttcccacctttttacgtctgctgtattgatttctatttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTGAGCAGAGTATGCCATACGGCCACCAGCAAGCTCAGTCTCAGGGGTTCT
tattgat putative branch site (score: 3)
tttctattt CT-rich tract
tattgatttctattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccatggtatctttcttctattaaaacaaatccaatccctagctgatatgtttctgtttcccacctttttacgtctgctgtattgatttctatttgtgaagCTGGATGAAATTAGTGTCAAAAATCACCTTCAATTATCATGGGAAAGTGGTGAGCAGAGTATGCCATACGGCCACCAGCAAGCTCAGTCTCAGGGGTTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
ccatggt
- - - - - - - - - - - aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - -caatccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgctg