1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gttcatttgccaattcttttcatgataagtccagtgtaagttcaaacttatttgacttgtttgatatgttataaacatcttgctcgttcatactttctagGATTCAAGCACTCCTATGAAGAAAGGTATGCCTCCAGAATCATATCAGAGGCCTCTTAAATCAGTCAGGGCCCCCTTAATCCCAACTGAAGATGAGTATG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0066g01590.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTGGCATTGCTGCAACGTAGAGTGGCAGCAATGTTTTCTTCCCAATAT GATTCAAGCACTCCTATGAAGAAAGGTATGCCTCCAGAATCATATCAGAGG
genomic: TGCTGGCATTGCTGCAACGTAGAGTGGCAGCAATGTTTTCTTCCCAATATgtaagtgatc ... tactttctagGATTCAAGCACTCCTATGAAGAAAGGTATGCCTCCAGAATCATATCAGAGG
acttatttgacttgtttgatatgttataaacatcttgctcgttcatactttctagGATTCAAGCACTCCTATGAAGAAAGGTATGCCTCCAGAATCATATCAGAGGCCTCTTAAATCAGTCAGGGCCCCCTTAATCCCAACTGAAGATGAGTATG
tactttct CT-rich tract
tttgatatgttataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcatttgccaattcttttcatgataagtccagtgtaagttcaaacttatttgacttgtttgatatgttataaacatcttgctcgttcatactttctagGATTCAAGCACTCCTATGAAGAAAGGTATGCCTCCAGAATCATATCAGAGGCCTCTTAAATCAGTCAGGGCCCCCTTAATCCCAACTGAAGATGAGTATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- -catttgc
- - - - - - - - -tttcatg
- - - - - - - - - - - - - aagtcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ataaaca