Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os07g08440.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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upper sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g58330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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upper sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G004356_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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upper sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA10G30430.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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upper sequence: Vv14s0030g02230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA20G36770.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttac-cattataaattagttcattact-tgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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-----------------------------------------------------------------tttacatattgtatatatgtgtattcccataactttatagacatttttccattt---agattcttacattggttatatacttatatattgat----tctacgagcagGGGGATCAGGACATAGAAGGTGGAGCCAATGAGCAAGCCTGGGACAAGTGGTCCAATGATGGCACAGAACAACAGGTGGCTAAGCTTATGGAAGAAGATG--- atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.caagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
tttttgt CT-rich tract
ttttcaatt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
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gtaataaaactccatgttcaacttgtaaatttcgggtactacaatttatacctcttcacattttctttaccattataaattagttcattacttgctatttttgtttttcttgcatctgcaagattttcaattctttctcccatccatataagggtgatttttgtgtgagatagGGAGATGGCACTGAGGGTGGAAGCAATCAGCAAGCTTGGGAGAAGTGGTCAACAGATGGAACAGAACAACAAGTAGCTAAGCTGATGGAAGAAGATGTGG
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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
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