Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgattggttgtatgattttgtttcaagttatggcaataaattatctgagatttgataatttacattaatgtttgcaaccagCTTTGGGATATGCGTAACACAATAACACCAGTGAAAGAGTTTGTGGGGCACACTAAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0158g00140.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34544619|gb|CF512851.1|CF512851
EST:     CCACTCAGCTAGTTGTTGCATCAGATGAAGACAATTCACCTGCCCTTAGG                         CTTTGGGATATGCGTAACACAATAACACCAGTGAAAGAGTTTGTGGGGCAC
genomic: CCACTCAGCTAGTTGTTGCATCAGATGAAGACAATTCACCTGCCCTTAGGgtatgattgg ... ttgcaaccagCTTTGGGATATGCGTAACACAATAACACCAGTGAAAGAGTTTGTGGGGCAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttatggcaataaattatctgagatttgataatttacattaatgtttgcaaccagCTTTGGGATATGCGTAACACAATAACACCAGTGAAAGAGTTTGTGGGGCACACTAAAG
                                    cattaat  putative branch site (score: 3)
        aataaattatctgaga  TA-rich tract