1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtgagtttcaatcatcttctacttaaatttgtttcctttcaatcttttaattctcaacctaacgtctgttggtttttggctaagtcacttcggaaactttctgttagaacttgctctttatttaattttgctgtcacattagaaattagctatctttatatcatgtccctgatgtggtgcattgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTCATCAGAACGAGGAAATCAGTGGCGATGAAGGCAGTGAAGAAGAGGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0067g01710.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|45771644|gb|CN007496.1|CN007496
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110417233|gb|EC983272.1|EC983272
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110425576|gb|EC991964.1|EC991964
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACTCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110698113|gb|EE075755.1|EE075755
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: ATATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCATAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|30329600|gb|CD012862.1|CD012862
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|30305055|gb|CB981849.1|CB981849
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110401163|gb|EC967762.1|EC967762
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110708703|gb|EE086544.1|EE086544
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATCGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTEST: gi|110401746|gb|EC968364.1|EC968364
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
EST: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCT GTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
genomic: AAATTGATTGCCACAAAGGAAAGCTTATCGTAAAGGAGGCACCCAGAGCTgtgagtttca ... attgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGT
acattagaaattagctatctttatatcatgtccctgatgtggtgcattgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTCATCAGAACGAGGAAATCAGTGGCGATGAAGGCAGTGAAGAAGAGGAAG
cattgat putative branch site (score: 4)
tatctttatatcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtttcaatcatcttctacttaaatttgtttcctttcaatcttttaattctcaacctaacgtctgttggtttttggctaagtcacttcggaaactttctgttagaacttgctctttatttaattttgctgtcacattagaaattagctatctttatatcatgtccctgatgtggtgcattgattcagGTGAGTGAACGGGACGATAAACTACTTGCTGAGCATATGGCTAAGCTAAGTCATCAGAACGAGGAAATCAGTGGCGATGAAGGCAGTGAAGAAGAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA