Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggcacaactattgtattgtatgagaagtgtttgatcatggtgtgatgctcaagatttatttcattatagaaaggtccttcatgctctaattctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTCGATGGTTCAGTGATGAAATGTGTTCGTGATCAGAATGGGAATCATGTTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04640.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g04640.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA10G35290.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
ggcacaactattgtattgtatgagaagtgtttgatca--tggtgtgatgctcaagatttatttcattatagaaaggtccttcatgct---ctaattctgtc-acagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTCGATGGTTCAGTGATGAAATGTGTTCGTGATCAGAATGGGAATCATGTTA
     |   | || |     |      | |||| ||   || |    ||||      | |  | |  ||  |    |  |  |  ||   |||| | | |  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||| | |||||| ||||| || | ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||
-----aggaactggaccccctcctgcttatttgttctcttgattatttgcttttagataagctgaa-atgaatgcattatcaaatcttagctaactttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGTGGATCAGCAGGGTCAAATGGTGTCTGAGCTCAATGGTGCAATAATGAAATGTGTACGTGATCAAAATGGAAACCATGTTA

upper sequence: Vv13s0019g04640.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA20G32230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
-----ggcacaactattgtattgtatgagaagtgtttgatcatggtgtgatgctcaagatttatttcattatagaaaggtccttcatgctctaattctgtc-acagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTCGATGGTTCAGTGATGAAATGTGTTCGTGATCAGAATGGGAATCATGTTA
     ||     ||  ||  |  |           ||  |     |  |||   |   | ||| | |||||||  ||    |||      |||| | | |  ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||  |||  ||||| | |||||| ||||| || | ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||
gaactgggctccctcctgcgtatttattctctccattatttgcttttagataagctgaaattaatgcattatatcaaa--tcttag----ctaactttattgacagGCCTTGGAGGTGGTTGATGCGGATCAGCAGGGTCAACTGGTGTCTGAGCTCAATGGTGCAATAATGAAATGTGTACGTGATCAAAATGGAAACCATGTTA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349810204|gb|FQ401650.1|FQ401650
EST:     ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAG                         GCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
genomic: ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAGgttctttctt ... tctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
EST: gi|349813014|gb|FQ411254.1|FQ411254
EST:     ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAG                         GCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
genomic: ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAGgttctttctt ... tctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
EST: gi|349820003|gb|FQ404725.1|FQ404725
EST:     ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAG                         GCCTTAGAGGTGGTTGATGCGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
genomic: ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAGgttctttctt ... tctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
EST: gi|349813209|gb|FQ411449.1|FQ411449
EST:     ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAG                         GCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC
genomic: ATATTTTGCCCCTAAGTCTTCAAATGTATGGTTGCAGAGTTATTCAAAAGgttctttctt ... tctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctcaagatttatttcattatagaaaggtccttcatgctctaattctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTCGATGGTTCAGTGATGAAATGTGTTCGTGATCAGAATGGGAATCATGTTA
                                      ctctaat  putative branch site (score: 3)
                                            ttctgtc  CT-rich tract
     aagatttatttcatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggcacaactattgtattgtatgagaagtgtttgatcatggtgtgatgctcaagatttatttcattatagaaaggtccttcatgctctaattctgtcacagGCCTTAGAGGTGGTTGATGTGGATCGGCAGACTCAGATGGTGGCAGAGCTCGATGGTTCAGTGATGAAATGTGTTCGTGATCAGAATGGGAATCATGTTA

ggcacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - gatcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgctc