1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tctgcaattttttcacctttgaatctattattttcttttgcttttgaatttacattcactgttaaaaagtgtcatcaatttcaccactctcttaaagcagAAGAAACAAGACATTAACAACGCGGTTGCGAGCACAAAGGCCCCAGATGACGAATTGACTTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTTAATGTGGGAGAATTAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g01960.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAG CEST: gi|30251477|gb|CB969210.1|CB969210
genomic: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAGgtatgaatca ... cttaaagcag-
EST: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAG CEST: gi|110715402|gb|EE093411.1|EE093411
genomic: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAGgtatgaatca ... cttaaagcag-
EST: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAG AAGAAACAAGACATTAACAACGCGGTTGCGAGCACAAAGGCCCCAGATGAC
genomic: TGGTGGCTCATCAATGCAACAGGGCTCATCTTCGGCCTCAGCTGAGgtatgaatca ... cttaaagcagAAGAAACAAGACATTAACAACGCGGTTGCGAGCACAAAGGCCCCAGATGAC
gaatttacattcactgttaaaaagtgtcatcaatttcaccactctcttaaagcagAAGAAACAAGACATTAACAACGCGGTTGCGAGCACAAAGGCCCCAGATGACGAATTGACTTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTTAATGTGGGAGAATTAA
tttcaccactctctt CT-rich tract
tgttaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctgcaattttttcacctttgaatctattattttcttttgcttttgaatttacattcactgttaaaaagtgtcatcaatttcaccactctcttaaagcagAAGAAACAAGACATTAACAACGCGGTTGCGAGCACAAAGGCCCCAGATGACGAATTGACTTGCAGTGTTTGCTTGGAGCAAGTTAATGTGGGAGAATTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
-ctgcaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - cttttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatcaa