1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gttggaaactacttgcccgtctctttgttgcattttgtttataaacataattctggtcttacttatagcatgtaataatggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCACAGGAAGAGAGCTACTGGGGCAATGTCAATCCGATAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv13s0019g00840.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|71860037|gb|DT009092.1|DT009092
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGEST: gi|30132964|gb|CB918303.1|CB918303
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATG
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|33410540|gb|CF216167.1|CF216167
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTTGGGGCTTGCC-AGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|71882833|gb|DT031888.1|DT031888
genomic: GTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110703601|gb|EE080591.1|EE080591
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110690502|gb|EE067657.1|EE067657
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110702160|gb|EE080556.1|EE080556
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|156736486|gb|EV240607.1|EV240607
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|71859225|gb|DT008280.1|DT008280
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110369469|gb|EC933629.1|EC933629
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: CACCTTGAACATGTGGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110357315|gb|EC920771.1|EC920771
genomic: CACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110723901|gb|EE099257.1|EE099257
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|30132893|gb|CB918232.1|CB918232
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110720753|gb|EE096961.1|EE096961
genomic: GAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110721290|gb|EE098120.1|EE098120
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGGTGATCCTCTTGTGCATCEST: gi|110727671|gb|EE104694.1|EE104694
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGG-TGATCCTCTTGTGCATC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAAGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110714087|gb|EE090592.1|EE090592
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110719051|gb|EE096588.1|EE096588
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110687991|gb|EE066031.1|EE066031
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110373757|gb|EC938084.1|EC938084
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: AACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAG-CAA GATTTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCEST: gi|33407947|gb|CF213574.1|CF213574
genomic: AACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGA-TTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|71862913|gb|DT011968.1|DT011968
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110692310|gb|EE071412.1|EE071412
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|110356627|gb|EC919593.1|EC919593
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCEST: gi|30299440|gb|CB976234.1|CB976234
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
EST: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCAAG GATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
genomic: GTGATTGGCACCTTGAACATGTTGGGGCTTGCCAAGAGAGTTGGAGCCAGgttggaaact ... atggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCC
ttttgtttataaacataattctggtcttacttatagcatgtaataatggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCACAGGAAGAGAGCTACTGGGGCAATGTCAATCCGATAG
gtcttac putative branch site (score: 3)
tttataaacataattc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttggaaactacttgcccgtctctttgttgcattttgtttataaacataattctggtcttacttatagcatgtaataatggctacagGATTTTGCTCACATCAACTTCAGAGGTGTATGGTGATCCTCTTGTGCATCCACAGGAAGAGAGCTACTGGGGCAATGTCAATCCGATAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT