Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcaaattaataggcttggcttgatcattgcccatttctattgcttgtatagattagaatctaagttcactgaagtatgattctgctactatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0134g00150.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0134g00150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA05G28630.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
agcaaattaataggcttggcttgatcattgccc--atttctattgcttgtatagattag------aatctaagttcactgaagtatgattctgctactatgactg-cagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG
          |  | |||  ||    |||  |   ||||| | ||   | ||  | | |       |  | | |   |      ||   | ||||  |   | |  |||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||| ||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||||||
---------gtctgtttgatttttctattttctgaatttcaaatgaaagaatgaaatgggttgtggacttgaatcatccttctaatatatttgcttttcctattctcagTTTTCTGTTGTGTGGGGGCCCTTGCCATAACAGGGTCGCTAGATCTTGTTGACAAAGACCTACTTGGTTGGTGGTTATGCGAGCGACAGGTTAAATCTGG

upper sequence: Vv12s0134g00150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA08G11710.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
----agcaaattaataggcttggcttgatcattgccc--atttctattgcttgtatagattagaatctaagttcactgaagtatgattctgctactatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG
    |   ||||  |  | |||  ||    |||  |   ||||| | ||  |   | || | || ||    |||    |  | || || | ||  | |     |||| |||||||||||||| || |||||  | || || || ||| ||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || || || ||||||||
taagactgaatttgtctgtttgatttttctattttctgaatttcaaatgggta-gtggacttgattcatccttctaatatatttgcttttcctgttgt-----cagTTTTCTGTTGTGTGGGGGCCCTTGCCATAACAGGGTCACTAGATCTTGTTGACAAAGACCTACTTGGTTGGTGGTTATGCGAGCGTCAGGTTAAATCTGG

upper sequence: Vv12s0134g00150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT3G12070.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
---------------agcaaattaataggcttggcttgatcattgcccatttctat---tgcttgtatagattagaatc---------taagttcactgaagtatgattctgctac-tatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTC---AAATCTGG
                  || ||  ||  | |||  | ||||||    || | | |   ||  | ||  || ||  ||          || | | | | |||     |  | ||   | |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| | || ||   ||| |||| |||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||| | |||| |    | ||   
gtatgttcatgctaatttaactttttaaccctgggatcatcattcaatatgtgtctagatgactttactgaatatcattgcagcatcatatggtaattaaagggcattgattctttatgttgctgcagTTTTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTATCACCGGGAATCTCCATCGTGTTGATAAGGACTTACTTGGATGGTGGTTATGTGAAAGACAAGACTACGAGTC---

upper sequence: Vv12s0134g00150.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: AT5G12210.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
agcaaattaataggcttggcttgatcattgcccatttctattgcttgtatagattagaatctaagttcactgaagtatgattctg---ctactatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG
 || | | |     |||    | |  ||||   |   |  || | ||  | |   | |   |||    || | | | |   | ||   || || | |||||||| ||||| || || |||||||||||| | || ||   ||| ||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||||| | ||| | ||  ||||
-gctattgatacatctttatgtaa--attgtataggacagtttcatggttgggagatatggtaaaaagacggtattctttatttgtttcttctgttactgcagTTTTCTGCTGCGTTGGTGCTCTTGCTATCACTGGGAGTCTCCATCATGTTGATAAGGACTCACTTGGTTGGTGGTTATGTGAAAGACAATTAAAGGCTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349826932|gb|FQ419023.1|FQ419023
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|351047683|gb|FQ455080.1|FQ455080
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|351032822|gb|FQ461711.1|FQ461711
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACGCCTGGTGCAGAATCACATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|349810206|gb|FQ401652.1|FQ401652
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCTCATGCAGGGCAGG                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGGTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|161721200|gb|FC071051.1|FC071051
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|349817650|gb|FQ407639.1|FQ407639
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGG                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|349809279|gb|FQ399053.1|FQ399053
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGG                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCT
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCT
EST: gi|351015754|gb|FQ431709.1|FQ431709
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|351045119|gb|FQ449373.1|FQ449373
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAAAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGC
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGC
EST: gi|349815323|gb|FQ400478.1|FQ400478
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGG                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGGTT
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATG-TT
EST: gi|349807995|gb|FQ402386.1|FQ402386
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGG                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACCGGTTCTCTACATCATGTTG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTG
EST: gi|351045348|gb|FQ451796.1|FQ451796
EST:     GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGA                         TATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACG
genomic: GGATGGTGGGTTTGGATGTACACCTGGTGCAGAATCCCATGCAGGGCAGAgtatgttata ... atgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtatagattagaatctaagttcactgaagtatgattctgctactatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG
       attagaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agcaaattaataggcttggcttgatcattgcccatttctattgcttgtatagattagaatctaagttcactgaagtatgattctgctactatgactgcagTATTCTGTTGTGTGGGTGCTCTTGCTTTGACGGGTTCTCTACATCATGTTGACAAGGACCTCCTTGGGTGGTGGTTATGTGAACGGCAAGTCAAATCTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- -aaattaa
- - - - - - - - tggcttg
- - - - - - - - - - - - - -ttgccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgaa