Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaaaactttgttcatgttgatcttttggattatctatcataatgtcatgattatgaactgaaaagtaaaattctatttctctagATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGGTTTGAACTCTGGATCAAGTGCCTCACATATTCTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0055g00710.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110703791|gb|EE080956.1|EE080956
EST:     AACCAGGTTATGACTGGAGGGTTTTTGACTGATAAACAGGCTTCATATGG                         ATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGG
genomic: AACCAGGTTATGACTGGAGGGTTTTTGACTGATAAACAGGCTTCATATGGgtaaaaactt ... atttctctagATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGG
EST: gi|71859767|gb|DT008822.1|DT008822
EST:     AACCAGGTTATGACTGGAGGGTTTTTGACTGATAAACAGGCTTCATATGG                         ATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGG
genomic: AACCAGGTTATGACTGGAGGGTTTTTGACTGATAAACAGGCTTCATATGGgtaaaaactt ... atttctctagATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttatctatcataatgtcatgattatgaactgaaaagtaaaattctatttctctagATGGATGTTTAAACTGAGTGAGTGGGCCCATTTTTCTTCCTATGACATTGGTTTGAACTCTGGATCAAGTGCCTCACATATTCTG
                                         ttctatttctct  CT-rich tract
                               aaaagtaaaattctat  TA-rich tract