1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ctcattttcaatgatggcatcaccattctagctagataattagtgttcatgcaatctccacacaatacttacatgaccacttgtcttcttgttaacttagATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGACAACCCTCAGGGAAAACAACTTAAAAGAAATTGAAGGTGGAGTTGTCTTGGAAAGCC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g00760.t01 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATGTGACCTTTTCAACTGCTGATGGAGCGCTGGGAG-CGGCTCCTGCG ATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGAACA-CCCTEST: gi|110692902|gb|EE068663.1|EE068663
genomic: GCATGTGACCTTTTCAACTGCTGATGGAGCGCTGG-AGGCGGCTCCTGCGgtgagaattt ... gttaacttagATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGA-CAACCCT
EST: AGCATGTGACCTTTTCAACTGCTGATGGAGCGCTGGAGGCGGCTCCTGCG ATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGACAACCCTCEST: gi|110708441|gb|EE085986.1|EE085986
genomic: AGCATGTGACCTTTTCAACTGCTGATGGAGCGCTGGAGGCGGCTCCTGCGgtgagaattt ... gttaacttagATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGACAACCCTC
EST: GCATGTGACCTTTTTCA-CTGCTGATGGAGCGCTGGAAGCNGCTCCTGCG ATGGGAA-AGCTGATGCCTATTT-GGATTCT-GTGAGTANTGGGACAACC
genomic: GCATGTGACCTTTT-CAACTGCTGATGGAGCGCTGGAGGCGGCTCCTGCGgtgagaattt ... gttaacttagATGGGAATAGCTGATGC-TATTTTGGAT-CTTGTGAGTAGTGGGACAACC
ttcatgcaatctccacacaatacttacatgaccacttgtcttcttgttaacttagATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGACAACCCTCAGGGAAAACAACTTAAAAGAAATTGAAGGTGGAGTTGTCTTGGAAAGCC
cttgtcttcttgtt CT-rich tract
aatactta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctcattttcaatgatggcatcaccattctagctagataattagtgttcatgcaatctccacacaatacttacatgaccacttgtcttcttgttaacttagATGGGAATAGCTGATGCTATTTTGGATCTTGTGAGTAGTGGGACAACCCTCAGGGAAAACAACTTAAAAGAAATTGAAGGTGGAGTTGTCTTGGAAAGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - atgatgg
- - - - - - - - -catcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttacatg