Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtagatgggttctctcttggatatcaatttagcttttgaactcataatttgaatatcatttgtcacactcttgtgttctgtggtgatttaatctcataaaatgtgatgaccttttggtttgcctttttcagGGCCAGTGTGCAGTACCAATTTTACCAAGGTTAACTATGCCTGGCCATCGTATTGATCCACCTTGTGGGAGGGTTCTTTTGCAATTTCAGCAATCCCCTA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g04420.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g04420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA17G12950.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtaggtagatgggttctctcttggatatcaatttagcttttgaactcataatttgaatatcatttgtcacactcttgtgttctgtggtgatttaatctcataaaatgtgatgaccttttggtttgcctttttcagGGCCAGTGTGCAGTACCAATTTTACCAAGGTTAACTATGCCTGGCCATCGTATTGATCCACCTTGTGGGAGGGTTCTTTTGCAATTTCAGCAATCCCCTA
                     ||||    |  |||   | |||  | ||||     | |  ||  |||  | |   |  |   |||   |  |  |    | |  | |  |||  |||          ||| ||||| || |||||  ||||  | || |||||  | || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||| |   |||       
---------------------tggaggcaatctta---tatgatgttataaaaaagaaagaat--gtcttattgcagaatggagtgtccaagtgcttgtttgacttctagtgatgttta---------tttacagGGTCAATGTGCCATACCTGTATTGCCAAGACTGACAATGCCTGGTCATCGTATTGATCCTCCCTGTGGGAGAGTTTTTTTGCAATATGGTCAACAAAAGC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgtggtgatttaatctcataaaatgtgatgaccttttggtttgcctttttcagGGCCAGTGTGCAGTACCAATTTTACCAAGGTTAACTATGCCTGGCCATCGTATTGATCCACCTTGTGGGAGGGTTCTTTTGCAATTTCAGCAATCCCCTA
         atttaat  putative branch site (score: 4)
                                         tttgcctttttc  putative PPT
         atttaatctcataaaa  TA-rich tract