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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaaacaccatgccaatttttcatttggggattaagtggaagtttcaattatacttgtacctgggacatgttaatgctattcaacgagtggtgttttactgattaatttctactttaacagAAAGAGCTTAGTAACTCATATGAGGCTCGCATAAAGCAACTACAGCAAGATTTATCTGCATCCAAAATTGAAGTGAGCAAAGTAGAGTCAATTATGGTTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g03230.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77581293|gb|DV219578.1|DV219578
EST:     AAGAATGCAAATCTGAAAATGCACAGTTGGAAGAACTTCTCACTGCAGAG                         AAAGAGCTTAGTAACTCATATGAGGCTCGCATAAAGCAACTACAGCAAGAT
genomic: AAGAATGCAAATCTGAAAATGCACAGTTGGAAGAACTTCTCACTGCAGAGgtgaaacacc ... actttaacagAAAGAGCTTAGTAACTCATATGAGGCTCGCATAAAGCAACTACAGCAAGAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgttaatgctattcaacgagtggtgttttactgattaatttctactttaacagAAAGAGCTTAGTAACTCATATGAGGCTCGCATAAAGCAACTACAGCAAGATTTATCTGCATCCAAAATTGAAGTGAGCAAAGTAGAGTCAATTATGGTTG
                                        tttctacttt  CT-rich tract
                                   attaatttctacttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtgaaacaccatgccaatttttcatttggggattaagtggaagtttcaattatacttgtacctgggacatgttaatgctattcaacgagtggtgttttactgattaatttctactttaacagAAAGAGCTTAGTAACTCATATGAGGCTCGCATAAAGCAACTACAGCAAGATTTATCTGCATCCAAAATTGAAGTGAGCAAAGTAGAGTCAATTATGGTTG

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