Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgaactctgcagaaaatttttaagctatgttacaattgtatttcacataattttggaagtgaattgaaacttttcaattcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCATTAAAAGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g03200.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g03200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA16G08470.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtacgaactctgcagaaaatttttaagctatgttacaattgtatttcacataattttg-gaagtgaattgaaacttttcaa----ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCATTAAAAGG
||| |||     || | |       |   || ||  |||   ||| || ||| ||||| | |   |||| |||   || |     |  ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||| || ||
gtaagaaaggaacacacacacacacacacatattttaat---attacaaatatttttgtgcaaataattaaaaacattgatgtcttctattgcagATATGCAAAGATAGGGATGCTAAACCTCAGAAATGGGAGGATGTAGCACCATTGAAGGG

upper sequence: Vv11s0016g03200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA01G01170.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------------------gtacgaac-tctgcagaaaatttttaagctatgttacaattg-tatttcacataattttg-gaagtgaattgaaacttttcaattc----attgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCATTAAAAGG
                                                                             ||   |  | |  | | | |||||    | | ||    |   |||| || ||| ||||| | |   |||| | |   || |  ||    ||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||| || ||
gtaagaaagctacctatatatatatatataatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatttttttttttttttttttttcaatattacaaatacttttgtgcaactaattaagaacattaatgtcttctattgcagATATGCAAAGATAGGGATGCTAAACCTCAGAAATGGGAGGATGTAGCACCATTGAAGGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|45771236|gb|CN007088.1|CN007088
EST:     AACAGATGA-GTCCTA-GAC-TCAA                         ATATGCAA-GATAAGGACGCTAGACTTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: AACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|110428851|gb|EC995334.1|EC995334
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|110390246|gb|EC955146.1|EC955146
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|71881554|gb|DT030609.1|DT030609
EST:     ACTATGGTCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACC
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACC
EST: gi|30253347|gb|CB970898.1|CB970898
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|71887181|gb|DT036236.1|DT036236
EST:     ACTATGGTCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|77589174|gb|DV223847.1|DV223847
EST:     ACTATGGTCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|83275983|gb|DV939991.1|DV939991
EST:     CAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: CAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|71884795|gb|DT033850.1|DT033850
EST:     ACTATGGTCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|110404543|gb|EC969762.1|EC969762
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGGATATGTAGCG
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCG
EST: gi|30253270|gb|CB970821.1|CB970821
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|110421097|gb|EC987385.1|EC987385
EST:     ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
EST: gi|71884047|gb|DT033102.1|DT033102
EST:     ACTATGGTCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAA                         ATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA
genomic: ACTATGGCCTGATTACCCTCTTGGCAACAGATGATGTCCTAGGACTTCAAgtacgaactc ... ttcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caattgtatttcacataattttggaagtgaattgaaacttttcaattcattgcagATATGCAAGGATAAGGACGCTAGACCTCAGACATGGGAATATGTAGCGCCATTAAAAGG
      tatttcacataatttt  TA-rich tract