Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtaatctgcaatgttgtcgcttatagtgtaaaacatatctgatttttatcatcaattattttctcattttgtttatctatatttcttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01210.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794761|gb|FQ475259.1|FQ475259
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30300182|gb|CB976976.1|CB976976
EST:     GGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACTACTG
genomic: GGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27579600|gb|CB002295.1|CB002295
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30251118|gb|CB968851.1|CB968851
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110718432|gb|EE095257.1|EE095257
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|34549541|gb|CF517773.1|CF517773
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|161719906|gb|FC066714.1|FC066714
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110701137|gb|EE078403.1|EE078403
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110724332|gb|EE100065.1|EE100065
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27583889|gb|CB006584.1|CB006584
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|34542385|gb|CF510617.1|CF510617
EST:     TCGATCGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110387693|gb|EC952381.1|EC952381
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|46918171|gb|CN547500.1|CN547500
EST:     GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110724931|gb|EE101189.1|EE101189
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|26265277|gb|CA816340.1|CA816340
EST:     GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: GGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30253215|gb|CB970766.1|CB970766
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110723066|gb|EE099952.1|EE099952
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|27585499|gb|CB008194.1|CB008194
EST:     CAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: CAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|71865136|gb|DT014191.1|DT014191
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGACTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30299773|gb|CB976567.1|CB976567
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|30300771|gb|CB977565.1|CB977565
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
EST: gi|110684973|gb|EE062864.1|EE062864
EST:     TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAG                         TTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
genomic: TCAAGGGTGAGCACACATATGTTCCAGTGACGCAGAAAGGCTATTGGCAGgttggtaatc ... ttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatttttatcatcaattattttctcattttgtttatctatatttcttgttgatagTTTGATATGGGCGAAGTTCTTATTGATGGTGAAACAACTG
 atctgat  putative branch site (score: 4)
                                         tttcttgtt  putative PPT
          atcaattattttctca  TA-rich tract