Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttgattttgtatggaacacttttccttttccgatgaatatgctacgcatgcatgaaacacactttcaaaattgtttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCACCCCCTAATACAAGATATGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACCGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTCAACAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0054g01230.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0054g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA08G24160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtaagttttgattttgtatggaacacttttccttttccgatgaatatgctacgcatgcatgaaacacactttcaaaattgtttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCACCCCCTAATACAAGATATGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACCGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTCAACAAGT
|| |        |||  ||  | ||   |   | |    |   ||    |    ||| |    |||   | || |   | |  ||| ||||| ||||| || || || || ||  |  |||||||| | || ||||||||||| ||||||| ||| |||||  | |||||||||||||| ||||||||||
gtgaaagacatcttta-attaatcagaatgtgtgtatgtacatatcctttttctatgaaaatgaca-gttgtctattatatcaattacagGAAGATCTTTATTATCCACATCCTTTGGTACAAGATCTAATATGGGATAGTTTATACATATTTACTGAGCCATTGCTTACTCGTTGGCCTTTCAACAAGT

upper sequence: Vv09s0054g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA07G00330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
--gtaagttttgattttgtatggaacacttttccttttccgatgaatatgctacgcatgcatgaaacacactttcaaaattgtttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCACCCCCTAATACAAGATATGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACCGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTCAACAAGT
  | |||   | ||||  |     ||| | |   | | |  ||   | |  | |  ||| |    | |  | ||||  || ||  ||  ||||| ||||| ||||| ||||| ||  | ||||||||  | || ||||||||||| |||||||  || || || || |||||||||||||| ||||||||||
gtgaaagacat-atttaattaatcacaatgtgtgtgtgcacatatcttttttgc-tatgaaaatgatagtcgttcattat-gtcaatcacagGAAGATCTTTACTATCCCCATCCTTTGATACAAGACCTAATATGGGATAGTTTATACATATTCACTGAACCGCTACTTACTCGTTGGCCTTTCAACAAGT

upper sequence: Vv09s0054g01230.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA15G07110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
----------gtaagttttgattttgtatggaacacttttccttttccgatg-aatatgctacgcatgcatgaaacacactttcaaaattgtttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCACCCCCTAATACAAGATATGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACCGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTCAACAAGT
           |  |  |  ||||| |||  |  |   |||   |    ||| ||| |  |    ||  |    | |    ||||   || |   || ||||| ||||| ||||| ||||| |     ||||||||| |  | ||||||||||||||  |||  |||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||
ataagagtgcatttgaataaattttttattaattaaaattcacatatatatgtaatttttttatgataaaaatgatatttattcatt-ttatactttacagGAAGATCTTTACTATCCCCATCATTGGATACAAGATCTATTATGGGATAGTTTGTATGTATTCACCGAGCCTCTTCTAAATTGTTGGCCTTTCAACAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccgatgaatatgctacgcatgcatgaaacacactttcaaaattgtttattgcagGAGGATCTCTACTACCCCCACCCCCTAATACAAGATATGATGTGGGATAGTTTGTACATATGTACCGAGCCTCTTCTTACTCGTTGGCCCTTCAACAAGT
                                  tttcaaaattgtttat  TA-rich tract