Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g00170.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g54340.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacag-ctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
          | |  | |  ||||||    ||| |||   | | | |  | ||    || | ||||   | ||| ||||||     |  ||      | |  |  | |  |||||||| ||  || |    |||    ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||
---------gtatactaatcttttttcagttcatatcccttgt-cgtgcaaacttgctcatccttgtgcatcaggctagtt---agttttggacttattttgctatttactgtttgctaattattgt----ttgttcatagGTTGTTGAGCTTCCCATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGATCCTCCAAAGGGGGTCCTTTGCTATGGCCCTCCTGGAACTGGCAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G181359_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                        ||||   |       | |  || |    |  ||  || |   | ||   || |  | | |  ||  | | |||      |  || || ||||   |  |||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || |||||||| || ||||| || || || |
---------------------------------------gtatgtgatccttttttcttcttgtgagctggcacatactgcatcata--gttagttacgggactagtttggttactctgtgcttgtacctttt-ttgcagGTTGTTGAACTTCCTATGCTTCACCCAGAAAAGTTTGTCAAGCTTGGTATTGATCCTCCAAAAGGCGTCCTTTGCTATGGCCCACCTGGCACTGGCAAGA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA03G42370.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                           |    |     |    |  |||||||   |    ||| |  ||   |        |  | |  |  |  ||     ||||||||  ||     |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||
-------------------------------------------gttagtgattggaagttcccttgatttttaatctgttat-aattgcggatgtaagttacatggtgctaattttatttatttatattttatctgctagGTTGTTGAGCTTCCCATGCTCCACCCTGAGAAATTCGTTAAGCTAGGAATTGATCCTCCAAAGGGTGTTCTTTGCTATGGTCCACCAGGGACTGGCAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA19G45140.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttc-tgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                        || |   ||  |  ||  | ||| |  ||||    |  |  ||||   ||  |  | | || |  |   || |||  | |||||| || ||      |||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||
---------------------------------------gtaagtgattggaa-gttcccttcatttttaatctgttataattgaggatgcaagttacatggcgctaatttatttttttatattt-tatctg-----ctagGTTGTTGAGCTTCCCATGCTCCACCCAGAGAAATTCGTTAAGCTAGGAATTGATCCTCCAAAGGGTGTTCTTTGCTATGGTCCACCAGGGACTGGCAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA16G01810.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                                      ||   |   |  | |  ||  ||  ||    |    |||  |  ||   || |   |    || | |||| | | ||     | |||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||
------------------------------------------------------gtaagtcattgaaatttcacttatcttacattataatga--taatgaagttatgcggc--actaa-atttgtcatttccctgcaagGTTGTTGAACTTCCCATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTCAAGCTTGGGATTGATCCTCCAAAGGGTGTTCTTTGTTATGGTCCCCCAGGAACTGGGAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA07G05220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                                        ||| ||    |||   |  || |||    |  |    |  |   |   || | |||   || ||  || ||| ||     | |||| ||||| || || ||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||| || ||||
----------------------------------------------------gtaagtcattgg-aatttttacttattttacatttataatgaagtagataagtcacgtgtc-actaat--ttgtaatttcactgcaagGTTGTTGAACTTCCCATGCTTCATCCAGAGAAATTTGTCAAGCTTGGGATTGATCCTCCAAAGGGTGTTCTTTGTTATGGCCCCCCAGGAACTGGGAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ13722 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctc---tagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                                                                   |   ||      || |    ||   ||  | |  ||   |  |||||||  | |   ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||
-----------------------------------------------------------------------------------gtaactacaccattttacatttggtttcctcgtcgacgatcttaacttttacgcatatagGTTGTAGAGCTTCCTATGCTCCATCCTGAGAAGTTTATCAAGCTTGGAATCGATCCTCCCAAAGGAGTTCTTTGCTACGGCCCTCCGGGAACTGGGAAAA

upper sequence: Vv09s0002g00170.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
lower sequence: EFJ29161 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 6
gtgtgtatattctttttacatttttttttgtcagatcatatatgcatttacaccgtgtctttcttgattaacagctagtttttgatcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctc---tagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                                                                   |   ||      || |    ||   ||  | |  ||   |  |||||||  | |   ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||
-----------------------------------------------------------------------------------gtaactacaccattttacatttggttttctcgtcgacgatcttaacttttacgcatatagGTTGTAGAGCTTCCTATGCTCCACCCTGAAAAGTTTATCAAGCTTGGAATCGATCCTCCCAAAGGAGTTCTTTGCTACGGCCCTCCGGGAACTGGGAAAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351055270|gb|FQ441868.1|FQ441868
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110381635|gb|EC934981.1|EC934981
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|46917525|gb|CN546854.1|CN546854
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCA
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCA
EST: gi|351037539|gb|FQ462522.1|FQ462522
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|352798958|gb|FQ480807.1|FQ480807
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110700764|gb|EE077702.1|EE077702
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161712408|gb|FC061713.1|FC061713
EST:     TGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: TGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110722901|gb|EE099603.1|EE099603
EST:     GGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: GGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|294966728|gb|GW837747.1|GW837747
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|352786546|gb|FQ479753.1|FQ479753
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110710904|gb|EE087489.1|EE087489
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|351038545|gb|FQ464411.1|FQ464411
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110424138|gb|EC990494.1|EC990494
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110718922|gb|EE096307.1|EE096307
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAAATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161718866|gb|FC067339.1|FC067339
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110688813|gb|EE067797.1|EE067797
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|71859940|gb|DT008995.1|DT008995
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGAAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|351047798|gb|FQ459018.1|FQ459018
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110727512|gb|EE104359.1|EE104359
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAAATTGAAAAGATGCNAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|33404439|gb|CF210066.1|CF210066
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|110686619|gb|EE064467.1|EE064467
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAACAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161710784|gb|FC059861.1|FC059861
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
EST: gi|161715740|gb|FC066144.1|FC066144
EST:     CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAA                         GTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT
genomic: CATATAATGATGTTGGTGGATGCAAGGAGCAGATTGAAAAGATGCGAGAAgtgtgtatat ... ttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctgtgaacttctgtccttctcttgtttgctgatatttataactttggctctagGTGGTTGAGCTCCCTATGCTCCACCCTGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATTGATCCTCCTAAGGGTGTTCTCTGCTATGGTCCTCCTGGAACCGGTAAAA
                                     ttataac  putative branch site (score: 2)
                               tgatatttataacttt  TA-rich tract