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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaataatggctaattgcatgttatatatatgagagccaaaatcttgatttctgatgattaccttttaccttgtcttcatttatttattttgtgaaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGTTTGTTAGATGTTTGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0105g00590.t01
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34547700|gb|CF515932.1|CF515932
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|30252103|gb|CB968742.1|CB968742
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351018952|gb|FQ426451.1|FQ426451
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCACATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|349830671|gb|FQ416969.1|FQ416969
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|161716004|gb|FC065529.1|FC065529
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351033623|gb|FQ447782.1|FQ447782
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351041270|gb|FQ447397.1|FQ447397
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351034199|gb|FQ463133.1|FQ463133
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCCTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351025946|gb|FQ427958.1|FQ427958
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351031189|gb|FQ445016.1|FQ445016
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|352791138|gb|FQ477465.1|FQ477465
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351028530|gb|FQ444811.1|FQ444811
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|349833147|gb|FQ416525.1|FQ416525
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAACATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351014975|gb|FQ444264.1|FQ444264
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351017844|gb|FQ436197.1|FQ436197
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|110712697|gb|EE087971.1|EE087971
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|110698374|gb|EE075807.1|EE075807
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|161709250|gb|FC060129.1|FC060129
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|351018561|gb|FQ424668.1|FQ424668
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
EST: gi|349829107|gb|FQ419639.1|FQ419639
EST:     TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAG                         GTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT
genomic: TTAATGAACCTTATCGTCCTATTCCTTCAGGGGCAATATCCGAAAATGAGgtatgtaata ... aaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctgatgattaccttttaccttgtcttcatttatttattttgtgaaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGTTTGTTAGATGTTTGG
 ttctgat  putative branch site (score: 3)
                          ttcatttatttatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtatgtaataatggctaattgcatgttatatatatgagagccaaaatcttgatttctgatgattaccttttaccttgtcttcatttatttattttgtgaaaatctcagGTTATTACTCAAATCTGGTTGCTTCTGCTTGGAGGTCTTGGCTTGGCTGGTTTGTTAGATGTTTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG